如何在 Linux 集群中安装 R 包

Question

我从我的大学获得了集群帐户，并在 linux 集群（redhat 2.6.18-128.el5）中安装了 R 2.13.0，但我无法安装 r 包。我尝试了以下代码

install.packages('plyr') 并且我将 CRAN 镜像选择为 1。然后我收到以下消息。

Warning: unable to access index for repository http://cran.ms.unimelb.edu.au/src/contrib Warning messages: 1: In open.connection(con, "r") : unable to resolve 'cran.r-project.org' 2: In getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) : package ‘plyr’ is not available (for R version 2.13.0)

现在我制作了一个本地库并尝试了

mkdir ~/R_libs
install.packages("lattice",repos="http://cran.r-project.org", lib="~/R_libs/")

然后再次警告

Warning: unable to access index for repository http://cran.r-project.org/src/contrib Warning message: In getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) : package ‘lattice’ is not available (for R version 2.13.0)

我下载了包，并上传到集群中。可以从那里安装吗？？

我没有任何 sudoers 权限（管理员权限）。集群有 32 个节点。

编辑： 我将 car_2.1-0.zip 上传到集群并尝试了以下代码。

R CMD INSTALL car_2.1-0.zip -l /R_libs

但我得到了如下所示的响应

Error in rawToChar(block[seq_len(ns)]) : embedded nul in string: 'PK[=16=]3[=16=]4\n[=16=][=16=][=16=][=16=][=16=]\xef3ZG[=16=][=16=][=16=][=16=][=16=][=16=][=16=][=16=][=16=][=16=][=16=][=16=][=16=]4[=16=][=16=][=16=]car/PK[=16=]3[=16=]44[=16=][=16=]2[=16=]\b[=16=]\xe03ZGn\xaa\xf3\x90Q[=16=]1[=16=][=16=]\xa2[=16=]2[=16=][=16=]\f[=16=][=16=][=16=]car/CITATION\x9dR\xc1j[=16=]210=W\xf07\x86=\xed\x82\xec\xd66\x856\xb6b)E'

有什么办法可以克服这个问题吗？？谢谢

Answer 1

非常感谢您提供我的问题的详细信息作为评论。让我在这里总结所有这些信息。

与其乞求你的系统管理员，不如按照以下步骤进行

第 1 步：从以下位置下载最新版本的 R link：https://cran.r-project.org/sources.html(i 下载 R-3.2.2)

第 2 步：将其上传到您的集群（我在 windows 8.1 中使用 WinSCP）

第 3 步：使用以下命令解压缩 tar -xf R-x.y.z.tar.gz

在我的例子中是 tar -xf R-3.2.2.tar.gz

第 4 步：使用代码 cd R-3.2.2

转到该目录

第 5 步：键入 ./configure 或 ./configure --enable-R-shlib && make

第六步：配置完成后，输入make

第 7 步：然后通过 make check

检查构建的系统是否正常工作

尽情享受吧！！！

Answer 2

module load R

（假设这是集群上的 R，所以现在它在您的路径上，您可以通过键入 R 来输入它）

export R_LIBS_USER=$HOME/apps/R:$R_LIBS_USER

（您仍在使用 Linux 命令行，尚未在 R 中）

（现在你输入R）

install.packages("packagename")

干得好，它会将软件包安装到 HOME/apps/R

library(packagename)

（尝试一下，看看是否有效）

如何在 Linux 集群中安装 R 包

How to install R packages in Linux cluster

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