仅在 R Markdown 中渲染块输出的最后 X 行

Question

我像这样从 R Markdown 调用 shell 程序

```{sh}
SomeShellProgram -options
```

并将文件呈现为 HTML。程序的计算确实需要一些时间，因此作者包含了一个自我更新的进度"bar"，看起来像这样：

45Mb 12.4% 935 OTUs, 3485 chimeras (6.7%)

但是，尤其是进度慢的时候，每0.1%左右就会更新这一行。并且每一行在HTML中单独渲染，最多可以添加1000行进度条。

我不想完全抑制输出，例如在块选项中使用 echo=FALSE。我正在制作一份报告，打印的信息很重要。

我正在寻找一种 hack，它会以某种方式只捕获最后的 X 行并呈现这些行，或者可能使用 grep 或类似的东西来只捕获具有 100% 左右的行。

我尝试使用 > output.txt 重定向输出，但是进度没有打印到文件中（尽管有其他信息）。

如果不给出完整示例，我想不出一种方法来提供可重现的示例，对此深表歉意。

对于那些感兴趣的人：我正在尝试生成一份关于 16S Illumina 测序数据分析的报告，我正在使用 Usearch，最让我头疼的命令是 usearch -cluster_otus 命令。

更新

渲染最后 X 行还有一个问题：输出中的进度条由 ^M（回车 return 个字符）分隔，而不是换行符，因此 less仅将其识别为单行。因此我的最终解决方案包括

使用 2> 将进度条的输出重定向到一个文件中
使用 sed

^M

使用 less

我在 mac osx 上执行此操作的（伪）代码如下（其中 X = 行数）

FunctionWithProgressBar -option 2> tempfile.tmp
sed -ibak $'s/\x0D/\\n/g' tempfile.tmp
tail -nX tempfile.tmp

和在R Markdown中：

```{sh, results="hide"}
FunctionWithProgressBar -option 2> tempfile.tmp
```
```{sh, echo=FALSE}
sed -ibak $'s/\x0D/\\n/g' tempfile.tmp
tail -nX tempfile.tmp
```

请注意，匹配退格键是一件令人头疼的事情（尤其是在 osx 上）并且平台之间会发生变化。

Answer 1

进度条可能在 sterr 流中，所以您使用“2>”而不是“>”捕获它，这样您就可以分别捕获 stderr 和 stdout，例如：

usearch blablabla 2> only_err > only_stdout

或者如果你想把所有的输出放在一起，你必须将 stderr 重定向到 stdout，然后做一个追加，像这样：

usearch blablabla >> total_output 2>&1

关于R-markdown部分，实在帮不上忙，没用过，sorry

问候，

莫里茨

仅在 R Markdown 中渲染块输出的最后 X 行

only rendering last X lines of chunk output in R Markdown

shell

r

r-markdown