基于另一个矩阵对一个矩阵进行子集化

Question

我想 select 基于 G 字符串的 R 以获得具有相同维度的分离输出。这是我的输入：

R <- 'pr_id  sample1  sample2 sample3
            AX-1   100       120     130    
            AX-2   150       180     160
            AX-3   160       120     196'
R <- read.table(text=R, header=T)

G <- 'pr_id  sample1  sample2 sample3
            AX-1   AB       AA     AA    
            AX-2   BB       AB     NA
            AX-3   BB       AB     AA'
G <- read.table(text=G, header=T)

这是我的预期输出：

AA <- 'pr_id  sample1  sample2 sample3
            AX-1   NA       120     130    
            AX-2   NA       NA     NA
            AX-3   NA       NA     196'
AA <- read.table(text=AA, header=T)

AB <- 'pr_id  sample1  sample2 sample3
            AX-1   100       NA     NA    
            AX-2   NA       180     NA
            AX-3   NA       120     NA'
AB <- read.table(text=AB, header=T)

BB <- 'pr_id  sample1  sample2 sample3
            AX-1   NA       NA     NA    
            AX-2   150       NA     NA
            AX-3   160       NA     NA'
BB <- read.table(text=BB, header=T)

有执行它的想法吗？

Answer 1

我们从第 2 列对 'G' 进行子集化，转换为矩阵，并用其中的值拆分序列，创建一个具有 NA ("G1") 的新矩阵并使用索引，我们替换对应于 "R" 数据集值的值。

lapply(split(seq_along(as.matrix(G[-1])), 
       as.matrix(G[-1])), function(x) {
        G1 <- matrix(NA, ncol=ncol(G)-1, nrow=nrow(G), 
                   dimnames=list(NULL, names(G)[-1]))
        G1[x] <- as.matrix(R[-1])[x]
        data.frame(pr_id=R$pr_id, G1) })
#$AA
#  pr_id sample1 sample2 sample3
#1  AX-1      NA     120     130
#2  AX-2      NA      NA      NA
#3  AX-3      NA      NA     196

#$AB
#  pr_id sample1 sample2 sample3
#1  AX-1     100      NA      NA
#2  AX-2      NA     180      NA
#3  AX-3      NA     120      NA

#$BB
#  pr_id sample1 sample2 sample3
#1  AX-1      NA      NA      NA
#2  AX-2     150      NA      NA
#3  AX-3     160      NA      NA

Answer 2

另一种方式：

lev<-setdiff(as.character(unique(unlist(G[-1]))),NA)
lapply(lev, function(x) {res<-G[-1]==x;res[!res]<-NA;cbind(R[1],res*R[-1])})

Answer 3

row.names(R) <- R[[1]]; R <- as.matrix(R[-1])
row.names(G) <- G[[1]]; G <- as.matrix(G[-1])
AA <- ifelse(G=="AA", R, NA)
AB <- ifelse(G=="AB", R, NA)
BB <- ifelse(G=="BB", R, NA)

或 lapply() （最后三行）：

lapply(c("AA", "AB", "BB"), function(x) ifelse(G==x, R, NA))

基于另一个矩阵对一个矩阵进行子集化

Subsetting one matrix based in another matrix

r

subset