R - 在 hclust 中隔离具有特定特征的集群

Question

我已经使用 hclust 生成了一些数据的聚类树状图，但我需要隔离所有成对的聚类，即仅包含 2 个数据的所有聚类（第一个聚类在一起），即使它们可能与 "higher" 分支上的其他数据聚集在一起。有谁知道我该怎么做？

我在附图中突出显示了我想要隔离的集群，希望这能更好地解释它。

我希望能够隔离这些集群中的所有配对数据，以便能够比较集群的内容。例如查看其中哪些包含特定类型的数据。

Answer 1

FWIW，您可以像这样提取 "forks"：

hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")
plot(hc)

res <- list()
invisible(dendrapply(as.dendrogram(hc), function(x) {
  if (attr(x, "members")==2) 
    if (all(sapply(x[1:2], is.leaf))) 
      res <<- c(res, list(c(attr(x[[1]], "label"), attr(x[[2]], "label"))))
  x
}))
head( do.call(rbind, res) )
#     [,1]          [,2]            
# [1,] "Florida"     "North Carolina"
# [2,] "Arizona"     "New Mexico"    
# [3,] "Alabama"     "Louisiana"     
# [4,] "Illinois"    "New York"      
# [5,] "Michigan"    "Nevada"        
# [6,] "Mississippi" "South Carolina"

（只是结果的前 6 行）

R - 在 hclust 中隔离具有特定特征的集群

R - Isolate clusters with specific characteristics in hclust

r

hclust