聚类坐标图 Visualitzation/Analysis

Question

我有一个包含 8 列的数据集（已经缩放）：

第一列表示每个观察所属的分配集群，
和 7 个因变量（每个都在不同的列中）。

我想通过 R 中的坐标图开发聚类可视化，就像以下博客 (http://blog.datascienceheroes.com/short-lesson-on-cluster-analysis/) 中所示。

谁能帮我解决这个问题？

Answer 1

多种选择。你可以做

library(GGally)
ggparcoord(aggregate(mtcars, list(as.factor(cutree(hclust(dist(mtcars)), k = 4))), mean), columns=-1, groupColumn=1)

或

library(parcoords)
parcoords(
  aggregate(mtcars, list(cutree(hclust(dist(mtcars)), k = 4)), mean),
  color = list( colorScale = htmlwidgets::JS('d3.scale.category10()'), colorBy = "Group.1")
)
parcoords(
  transform(mtcars, cluster = cutree(hclust(dist(mtcars)), k = 4)),
  color = list( colorScale = htmlwidgets::JS('d3.scale.category10()'), colorBy = "cluster")
)

Answer 2

您拥有所需函数的代码(plot_clus_coord)here.

聚类坐标图 Visualitzation/Analysis

Coordinate Plot for Clustering Visualitzation/Analysis

plot

r

graph

cluster-analysis

hclust