在闪亮的 ggplot2 图形上输入相关结果

Question

我正在尝试在闪亮的应用程序中显示 ggplot2 图的相关结果。我在这个例子中使用 iris 数据集。具体来说，我想要 x 和 y 输入调用的两个变量的相关性。而且我可以准确地弄清楚我做错了什么。我不断收到错误消息：

Warning: Error in cor.test.default: not enough finite observations

但是，当我尝试评估闪亮应用程序之外的关系时，我知道情况并非如此：

cor.test(iris$Sepal.Width, iris$Petal.Width, alternative = "two.sided", method="spearman")

我已将我的 cor.test 调用包装在 reactive 函数中，我正在尝试使用 geom_text 显示元素。下面是我的 ui.R 和 server.R 代码。

谁能看出我做错了什么？

ui.R

library(shiny)
library(ggplot2)
library(dplyr)


dataset <- iris

shinyUI(pageWithSidebar(

  headerPanel("Iris Data Explore"),

  sidebarPanel(

    selectInput('x', 'X', names(dataset), names(dataset)[[2]]),
    selectInput('y', 'Y', names(dataset), names(dataset)[[4]]),
    selectInput('species', 'Species', levels(dataset$Species), "virginica"),
    selectInput('color', 'Color', c('None', names(dataset))),

    checkboxInput('smooth', 'Smooth'),
    checkboxInput('line', 'Line')
  ),

  mainPanel(
    plotOutput('plot')
  )
))

server.R

library(shiny)
library(ggplot2)
library(dplyr)


shinyServer(function(input, output) {

  dataset <- reactive({
    filter(iris,Species==input$species)
  })

  cordf <- reactive({
    cor.test(as.numeric(input$x), as.numeric(input$y), alternative = "two.sided", method="spearman")
  })

  output$plot <- renderPlot({

    p <- ggplot(dataset(), aes_string(x=paste0("`",input$x,"`"),
                                      y=paste0("`",input$y,"`")
                                      )) + 
      geom_point() +
      geom_text(data=cordf(), aes(x=mean(input$x), y=mean(input$y), label=paste0(cordf$estimate))) +
      ggtitle(paste0(input$species))

    if (input$color != 'None')
      p <- p + aes_string(color=input$color)


    if (input$smooth)
      p <- p + geom_smooth(aes(group=1))
    if (input$line)
      p <- p + geom_line(aes(group=1), colour='seagreen')

    print(p)

  }, height=500)

})

Answer 1

问题是 dataset 甚至没有在您的函数 cordf() 中定义，因此出现错误 "not enough finite observation"。

另一个问题是你不能只做 mean(input$x) 因为 input$x 只是一些像 Sepal.Length 这样的字符串。我还认为你想要 annotate 而不是 geom_text。

修改后的server.R如下。我不熟悉 shiny，所以不确定这样做是否是最佳做法。

server.R

library(shiny)
library(ggplot2)
library(dplyr)


shinyServer(function(input, output) {

  dataset <- reactive({
    filter(iris,Species==input$species)
  })

  cordf <- reactive({
    dataset<-dataset();
    cor.test(as.numeric(dataset[,input$x]), as.numeric(dataset[,input$y]), alternative = "two.sided", method="spearman")
  })

  output$plot <- renderPlot({
    dataset<-dataset()
    p <- ggplot(dataset, aes_string(x=paste0("`",input$x,"`"),
                                      y=paste0("`",input$y,"`")
                                      )) +
      geom_point() +
      annotate("text", x=mean(dataset[,input$x]),y=mean(dataset[,input$y]), label=cordf()$estimate) +
      ggtitle(paste0(input$species))

    if (input$color != 'None')
      p <- p + aes_string(color=input$color)


    if (input$smooth)
      p <- p + geom_smooth(aes(group=1))
    if (input$line)
      p <- p + geom_line(aes(group=1), colour='seagreen')

    print(p)

  }, height=500)

})

在闪亮的 ggplot2 图形上输入相关结果

Inputting results of a correlation on ggplot2 figure in shiny

r

ggplot2

correlation

shiny