如何从 data.frame 中的 cor.test() 提取 p.value 和估计值？

Question

在这个例子中，我有来自 50 个不同站点的温度值，我想将 Site1 与所有 50 个站点相关联。但我只想提取组件 "p.value" 和 "estimate" 用函数 cor.test() 生成的 data.frame 分为两个不同的列。

我已经尝试过了并且有效，但我不知道如何！出于这个原因，我想知道如何简化我的代码，因为问题是我必须运行两次循环 "for" 才能得到我的结果。

这是我的例子：

# Temperature data
 data <- matrix(rnorm(500, 10:30, sd=5), nrow = 100, ncol = 50, byrow = TRUE,
               dimnames = list(c(paste("Year", 1:100)),
                               c(paste("Site", 1:50))) )
# Empty data.frame
 df <- data.frame(label=paste("Site", 1:50), Estimate="", P.value="")

# Extraction
for (i in 1:50) {
 df1 <- cor.test(data[,1], data[,i] )
 df[,2:3] <- df1[c("estimate", "p.value")]
   }

for (i in 1:50) {
  df1 <- cor.test(data[,1], data[,i] )
 df[i,2:3] <- df1[c("estimate", "p.value")]
   }

 df

非常感谢你的帮助:)

Answer 1

首先，我猜你的代码中有一个拼写错误（如果你想要唯一值，你应该有 rnorm(5000。否则你将循环这 500 个数字 10 次。

无论如何，一个简单的方法是：

data <- matrix(rnorm(5000, 10:30, sd=5), nrow = 100, ncol = 50, byrow = TRUE,
               dimnames = list(c(paste("Year", 1:100)),
                               c(paste("Site", 1:50))) )
# Empty data.frame
df <- data.frame(label=paste("Site", 1:50), Estimate="", P.value="")
estimates = numeric(50)
pvalues = numeric(50)
for (i in 1:50){
  test <- cor.test(data[,1], data[,i])
  estimates[i] = test$estimate
  pvalues[i] = test$p.value
}
df$Estimate <- estimates
df$P.value <- pvalues
df

编辑：我认为您的问题是在行 df <- data.frame(label=paste("Site", 1:50), Estimate="", P.value="") 中，如果您这样做 typeof(df$Estimate)，您会看到它需要一个整数，并且 typeof(test$estimate) 显示它吐出一个双精度数，所以 R 不知道你想用这两个值做什么。你可以像这样重做你的代码：

df <- data.frame(label=paste("Site", 1:50), Estimate=numeric(50), P.value=numeric(50))
for (i in 1:50){
  test <- cor.test(data[,1], data[,i])
  df$Estimate[i] = test$estimate
  df$P.value[i] = test$p.value
}

让它更简洁一些。

Answer 2

我可能还会提供以下内容（屏蔽循环）：

result <- do.call(rbind,lapply(2:50, function(x) {
  cor.result<-cor.test(data[,1],data[,x])
  pvalue <- cor.result$p.value
  estimate <- cor.result$estimate
  return(data.frame(pvalue = pvalue, estimate = estimate))
})
)

Answer 3

类似于colemand77的回答：

创建一个 cor 函数：

cor_fun <- function(x, y, method){
  tmp <- cor.test(x, y, method= method)
  cbind(r=tmp$estimate, p=tmp$p.value) }

通过 data.frame 申请。您可以转置结果以按行获得 p 和 r：

t(apply(data, 2, cor_fun, data[, 1], "spearman"))

如何从 data.frame 中的 cor.test() 提取 p.value 和估计值？

How to extract the p.value and estimate from cor.test() in a data.frame?

for-loop

r