doParallel 包中的 foreach

Question

我有这段代码可以使用一个函数从一些计算中创建一个矩阵 "cop.theta" 在 for 循环环境中

Mat.corr <- matrix(0,6,5,byrow=F)
for (i in 1:6){
Mat.corr[i,]=cop.theta(index,EXPR,SURV=survp[,i])
}

我使用 doParallel 包中的 "foreach" 编写了一个 R 代码，以获得与上述代码生成的结果类似的结果。我的代码如下

library(doParallel)
cl <- makeCluster(3) 
registerDoParallel(cl)
getDoParWorkers()
clusterExport(cl, list("QT","EXPR","cop.theta.i"))
clusterEvalQ(cl, library(copula))

foreach(i=1:6,.combine=matrix(0,6,5,byrow=F) %dopar%
Mat.corr[i,]=cop.theta(index,EXPR,QT=survp[,i])

但是我遇到了这个错误

Error: unexpected '=' in "foreach(i=1:6,.combine=matrix(0,6,5,byrow=F)
%dopar%  Mat.corr[i,]="

我哪里错了？

Answer 1

byrow = F 旁边少了一个“)”，即

foreach(i=1:6,.combine=matrix(0,6,5,byrow=F)) %dopar%
  Mat.corr[i,]=cop.theta(index,EXPR,QT=survp[,i])

应该可以修复此错误。但是，请注意 foreach 循环内的 mat.corr[i,]=... 不会将 cop.theta 操作产生的值写入此特定行，只要您是运行并行循环- 这仅适用于单核 foreach。这意味着，您必须在 foreach() 内使用 .combine 或在循环完成后处理合并过程。这是一个代码片段来阐明我的观点。

mat <- matrix(nrow = 3, ncol = 3)

### multi-core -----
foreach(i = 1:nrow(mat)) %dopar% {
  mat[i, ] <- matrix(rep(i, ncol(mat)), nrow = 1)
}

mat
     [,1] [,2] [,3]
[1,]   NA   NA   NA
[2,]   NA   NA   NA
[3,]   NA   NA   NA


### single core -----
foreach(i = 1:nrow(mat)) %do% {
  mat[i, ] <- matrix(rep(i, ncol(mat)), nrow = 1)
}

mat
     [,1] [,2] [,3]
[1,]    1    1    1
[2,]    2    2    2
[3,]    3    3    3

Answer 2

谢谢大家的评论。下面的代码实际上已经回答了我的问题。

foreach(i=1:6,.combine=rbind) %dopar%  cop.theta(index,EXPR,SURV=survp[,i])

doParallel 包中的 foreach

foreach in doParallel package

foreach

r

doparallel