访问 csr_matrix 的所有非零条目

Question

我有一个稀疏矩阵：

from scipy.sparse import csr_matrix
M=csr_matrix((5,5))
M[2,3]=4

我想迭代所有非零条目，例如：

for x,y,v in M.non_zero_entries:
   do_something()

我试图理解 M.data、M.indices 和 M.indptr

的价值

现在，在上面的例子中：

print (M.data) #outputs [4]
print (M.indices) #outputs [3]
print (M.indptr) #outputs [0,0,0,1,1,1]

如何从中提取非零记录？

Answer 1

您可以使用 M.tocoo() 其中 returns 矩阵的 "coordinate-format" 版本，它具有向量 data、row 和 col您以 "obvious" 方式使用。

或者您可以手动完成。像这样的东西（警告：只测试了一个例子，我没有考虑效率）：

def csr_entries(M):
    """Generator of tuples (i,j,x) of sparse matrix entries
    meaning that M[i,j]=x."""
    for row in range(len(M.indptr)-1):
        i,j = M.indptr[row],M.indptr[row+1]
        for k in range(i,j):
            yield (row, M.indices[k], M.data[k])

Answer 2

您正在（正在）寻找的是 nonzero 方法：

csr_matrix.nonzero()

Returns a tuple of arrays (row,col) containing the indices of the non-zero elements of the matrix.

所以你的循环应该是这样的：

for row, col in zip(*M.nonzero()):
    val = M[row, col]
    # do something
    print((row, col), val)

访问 csr_matrix 的所有非零条目

accessing all non zero entries of a csr_matrix

python

scipy

sparse-matrix