Allreduce 与用户定义的函数和 MPI_BOTTOM

Question

考虑下面的程序，它应该对 doubles 进行一些愚蠢的添加：

#include <iostream>
#include <vector>

#include <mpi.h>

void add(void* invec, void* inoutvec, int* len, MPI_Datatype*)
{
    double* a = reinterpret_cast <double*> (inoutvec);
    double* b = reinterpret_cast <double*> (invec);

    for (int i = 0; i != *len; ++i)
    {
        a[i] += b[i];
    }
}

int main(int argc, char* argv[])
{
    MPI_Init(&argc, &argv);

    std::vector<double> buffer = { 2.0, 3.0 };

    MPI_Op operation;
    MPI_Op_create(add, 1, &operation);

    MPI_Datatype types[1];
    MPI_Aint addresses[1];
    int lengths[1];
    int count = 1;

    MPI_Get_address(buffer.data(), &addresses[0]);
    lengths[0] = buffer.size();
    types[0] = MPI_DOUBLE;

    MPI_Datatype type;
    MPI_Type_create_struct(count, lengths, addresses, types, &type);
    MPI_Type_commit(&type);

    MPI_Allreduce(MPI_IN_PLACE, MPI_BOTTOM, 1, type, operation, MPI_COMM_WORLD);

    MPI_Type_free(&type);
    MPI_Op_free(&operation);
    MPI_Finalize();

    std::cout << buffer[0] << " " << buffer[1] << "\n";
}

因为这是更大程序的一部分，我想发送的数据是 1) 在堆上和 2) 由不同的类型组成，我想我必须使用用户定义的类型。

现在这里一定有问题，因为当运行和 mpirun -n 2 ./a.out 时程序崩溃了。来自 gdb 的回溯是：

#0  __memcpy_sse2_unaligned () at ../sysdeps/x86_64/multiarch/memcpy-sse2-unaligned.S:158
#1  0x00007ffff65de460 in non_overlap_copy_content_same_ddt () from /usr/local/lib/libopen-pal.so.6
#2  0x00007ffff180a69b in ompi_coll_tuned_allreduce_intra_recursivedoubling () from /usr/local/lib/openmpi/mca_coll_tuned.so
#3  0x00007ffff793bb8b in PMPI_Allreduce () from /usr/local/lib/libmpi.so.1
#4  0x00000000004088b6 in main (argc=1, argv=0x7fffffffd708) at mpi_test.cpp:39

第 39 行是 MPI_Allreduce 调用。这可能是一个愚蠢的错误，但在盯着它看了几个小时之后，我仍然没有看到它。有人发现错误吗？谢谢！

Answer 1

编辑： Open MPI 在执行 in-将减少到全部。它似乎存在于所有版本中，包括开发分支。可以通过关注 issue on GitHub.

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您的 add 运算符是错误的，因为您没有考虑数据类型的下限。一个合适的解决方案应该是这样的：

void add(void* invec, void* inoutvec, int* len, MPI_Datatype* datatype)
{
    MPI_Aint lb, extent;
    MPI_Type_get_true_extent(*datatype, &lb, &extent);

    double* a = reinterpret_cast <double*> (reinterpret_cast <char*>(inoutvec) + lb);
    double* b = reinterpret_cast <double*> (reinterpret_cast <char*>(invec) + lb);

    for (int i = 0; i != *len; ++i)
    {
        a[i] += b[i];
    }
}

这将正确访问数据，但仍然是错误的。 *len 将是 1，因为这是您传递给 MPI_Allreduce 的内容，但每个元素后面有两个双打。正确编写的运算符将使用类型自省机制来获取双精度块的长度并将 *len 乘以它，或者简单地将向量长度硬编码为二：

for (int i = 0; i < 2*(*len); i++)
{
    a[i] += b[i];
}

Allreduce 与用户定义的函数和 MPI_BOTTOM

Allreduce with user defined function and MPI_BOTTOM

c++

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