在 MPI 中收集，但不使用 MPI_Gather

Question

我需要做类似 MPI_Gather 的事情，但我需要按照不同于进程等级的顺序存储收集到的数据。我以为我可以做这样的事情：

int i;
int gathervals[10];
int my_val, my_place_in_storage;

/* init MPI etc ... then ... */

my_val = some_fcn_of_rank(my_rank, ...)
my_place_in_storage = some_other_fcn(my_val, my_rank, ...)

if (my_rank == 0){
/* my_val on proc 0 does go in gathervals[0], which simplifies
   things */
   gathervals[0] = my_val;
   for (i=1; i<num_procs; i++){
      MPI_Recv(&gathervals[i], 1, MPI_INT, MPI_ANY_SOURCE,
               i, MPI_COMM_WORLD, stat_mpi);
   }
}else{
   MPI_Send(&mv_val, 1, MPI_INT, 0, my_place_in_storage,
            MPI_COMM_WORLD);
}

我的想法是 proc 0 将启动循环并等待直到 post 从 my_place_in_storage 为 1 的 proc 发出发送，然后 proc 0 将接收该消息并将值放入进入 gathervals[1]。然后它将迭代并等待，直到它从 proc 中看到一个 post，其 my_place_in_storage 为 2，等等

这应该有效吗？我在 proc 0 上遇到段错误，我想找出原因。我认为这段代码可能有点非正统，但可以作为起点。我已经验证了所有 my_place_in_storage 值的正确性。

Answer 1

是的，这应该可行，但您有更好的选择。用MPI_Gather收集my_place_in_storage作为MPI_Gatherv的位移数组。沿线的东西：

 if (my_rank == 0) {
     int displacements[10];
     int recvcounts[10] = {1,1,1,1,1,1,1,1,1,1};
     MPI_Gather(&my_place_in_storage, 1, MPI_INT,
                displacements, 1, MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD); 
     MPI_Gatherv(&my_val, 1, MPI_INT, gathervals, recvcounts,
                 displacements, MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD);
 } else {
     MPI_Gather(&my_place_in_storage, 1, MPI_INT,
                NULL, 1, MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD); 
     MPI_Gatherv(&my_val, 1, MPI_INT, NULL, 1, NULL,
                 MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD);
 }

一般情况下，最好使用集体而不是多个点对点消息。这更具可扩展性，并允许通过 MPI 实现进行更多优化。

Answer 2

另一种选择是使用 MPI_Comm_split 创建一个新的通信器，它包含与 MPI_COMM_WORLD 所有相同的进程，但排列成基于 "my_place_in_storage" 的新顺序。如果每个人都提供相同的 "color" 值，那么他们都属于同一个通信器，但使用 "my_place_in_storage" 作为 "key"。

，你可以这样做

通信器创建有一些开销，但如果您使用相同的 "my_place_in_storage" 值多次执行此操作，这可能比使用两次收集更有效。请注意，在新的通信器中，您也可以只使用 gather，它也应该比 gatherv 更快。

在 MPI 中收集，但不使用 MPI_Gather

Gathering in MPI, but not with MPI_Gather

c

mpi