使用 "arithmetic progression" 重命名数据框中的列

Question

假设我有以下 data.frame 由多行（此处未全部显示）和 31 列组成。第一个（应该保留）标记为 "gene_ID"，从第二个一直到第 30 列，它们的名称都很奇怪，如下所示：

 |gene_ID | weird1| weird2|all_the_way_to | weird30|
 |:-------|------:|------:|:--------------|-------:|
 |BPK282x |      4|      1|...            |       7|
 |BPK282y |      5|      2|...            |       8|
 |BPK282z |      6|      3|...            |       9|

我想按如下模式重命名所有 30 个列名称：TPM_1、TPM_2、TPM_3、TPM_4.....TPM_30，结果如下 table：

 |gene_ID | TPM_1| TPM_2|all_the_way_to | TPM_3|
 |:-------|-----:|-----:|:--------------|-----:|
 |BPK282x |     4|     1|...            |     7|
 |BPK282y |     5|     2|...            |     8|
 |BPK282z |     6|     3|...            |     9|

我可以通过以下方式单独重命名列：

names(data.frame) <- c("gene_ID", "TPM_1", "TPM_2", "TPM_3", ..., "TPM_30")

但我想知道是否有一种方法可以通过使用一个函数来自动化该过程，该函数将在列的名称上使用类似算术级数的东西。换句话说，我试图找到一种方法来重命名我的列的模式（TPM_followed 按数字），因为列的名称将是 "TPM_n"、"TPM_n+1"、"TPM_n+2", TPM_n+3", 一直到 "TPM_n+30"

Answer 1

您可以使用paste0

colnames(df) <- paste0("TPM_", 1:30)

#[1] "TPM_1"  "TPM_2"  "TPM_3"  "TPM_4"  "TPM_5"  "TPM_6"  "TPM_7"  "TPM_8" "TPM_9" 
#[10]"TPM_10" "TPM_11" "TPM_12" TPM_13" "TPM_14" "TPM_15" "TPM_16" "TPM_17" "TPM_18"
#[19]"TPM_19" TPM_20" "TPM_21" "TPM_22" "TPM_23" "TPM_24" "TPM_25" "TPM_26" "TPM_27"
#[28] "TPM_28" "TPM_29" "TPM_30"

您始终可以指定要更改的列的索引

colnames(df)[2:31] <- paste0("TPM_", 1:30)

Answer 2

我们可以使用paste.

colnames(df1)[-1] <- paste0("TPM_", head(seq_along(df1),-1))
colnames(df1)
#[1] "gene_ID" "TPM_1"   "TPM_2"

在这里，我们只命名倒数第二列。 OP提到第一列是“gene_ID”。此外，这在数据集更改时更通用，我们不需要手动计数 1、2、3、4 等来检查是否有 30 列或 100 ..

数据

df1 <- structure(list(gene_ID = c("BPK282x", "BPK282y", "BPK282z"), 
weird1 = 4:6, weird2 = 1:3), .Names = c("gene_ID", "weird1", 
"weird2"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -3L))

Answer 3

使用 paste 组合字符串，以及沿列的数字级数（例如 seq_along）。在标准 iris 数据集中使用所需的输出：

names(iris) <- paste("TMP", seq_along(iris), sep = "_")

使用 "arithmetic progression" 重命名数据框中的列

Rename columns in data frame using "arithmetic progression"

r

rename

multiple-columns

数据