使用 awk 删除字符串 id 中的小数位

Question

我想从标识符列表中删除字符串中的小数位：

ENSG00000166224.12
ENSG00000102897.5
ENSG00000168496.3
ENSG00000010295.15
ENSG00000147533.12
ENSG00000119242.4

我想要的输出是

ENSG00000166224
ENSG00000102897
ENSG00000168496
ENSG00000010295
ENSG00000147533
ENSG00000119242

我想用 awk 来做，我一直在玩 printf 但没有成功。

更新：

将字段分隔符设置为 . 的 awk 答案在只有一列的文件中效果很好，但是如果文件由不同的列（字符串和浮点数）组成怎么办？这是一个例子：

ENSG00000166224.12  0.0730716237772557  -0.147970450702234
ENSG00000102897.5   0.156405616866614   -0.0398488625782745
ENSG00000168496.3   -0.110396121325736  -0.0147093758392248

如何只删除第一个字段中的小数位？

谢谢

Answer 1

您可以将字段分隔符设置为点并打印第一个元素：

$ awk -F. '{print }' file
ENSG00000166224
ENSG00000102897
ENSG00000168496
ENSG00000010295
ENSG00000147533
ENSG00000119242

在 sed 中你会说 sed 's/\.[^\.]*$//' file，这将捕获从最后一个点开始的所有内容并将其删除。

如果它只是一个数字，您可以使用 printf 来完成。然后，你会使用一些东西来不打印小数位。但是，由于它是字母数字字符串，因此最好将其作为字符串处理。

更新

使用 gsub 替换第一个字段中 . 的所有内容：

$ awk '{gsub(/\..*$/,"",)}1' a
ENSG00000166224 0.0730716237772557 -0.147970450702234
ENSG00000102897 0.156405616866614 -0.0398488625782745
ENSG00000168496 -0.110396121325736 -0.0147093758392248

Answer 2

也使用子函数。

awk '{sub(/\..*/, "")}1' file

Answer 3

使用cut：

$ cut -d. -f1 file
ENSG00000166224
ENSG00000102897
ENSG00000168496
ENSG00000010295
ENSG00000147533
ENSG00000119242

Answer 4

如果您正在寻找 perl 中的解决方案

perl -pne 's/\..*$//' file.txt

这最终会删除小数点后的所有内容。

使用 awk 删除字符串 id 中的小数位

remove decimal places in strings ids using awk

awk

更新