在 python 中使用变量作为新文件名称的一部分

Question

我是 python 的新手，我的 python 脚本 (split_fasta.py) 有问题。这是我的问题的示例：

list = ["1.fasta", "2.fasta", "3.fasta"]
for file in list:
    contents = open(file, "r")
    for line in contents:
        if line[0] == ">":
            new_file = open(file + "_chromosome.fasta", "w")
            new_file.write(line)

我省略了程序的底部，因为不需要它。我的问题是，当我运行这个程序与我的 fasta123 文件在同一个目录时，它工作得很好：

python split_fasta.py *.fasta

但是如果我在不同的目录中并且我希望程序将新文件（例如 1.fasta_chromsome.fasta）输出到我的当前目录...它不会：

python /home/bin/split_fasta.py /home/data/*.fasta

这仍然会在与 fasta 文件相同的目录中创建新文件。我确定这里的问题与此行有关：

new_file = open(file + "_chromosome.fasta", "w")

因为如果我把它改成这样：

new_file = open("seq" + "_chromosome.fasta", "w")

它在我的当前目录中创建了一个输出文件。

我希望这对你们中的一些人有意义，并且我可以得到一些建议。

Answer 1

您提供了旧文件的完整路径以及新名称。所以基本上，如果 file == /home/data/something.fasta，输出文件将是 file + "_chromosome.fasta"，即 /home/data/something.fasta_chromosome.fasta

如果您在 file 上使用 os.path.basename，您将获得文件名（即在我的示例中，something.fasta）

来自@Adam Smith

You can use os.path.splitext to get rid of the .fasta
basename, _ = os.path.splitext(os.path.basename(file))

回到代码示例，我看到了很多Python中不推荐的东西。我会详细介绍。

避免隐藏内置名称，例如 list、str、int...它不明确，以后可能会导致潜在问题。

打开文件进行读写时，应使用with语法。强烈推荐这样做，因为它会小心关闭文件。

with open(filename, "r") as f:
    data = f.read()
with open(new_filename, "w") as f:
    f.write(data)

如果文件中有空行，line[0] == ... 将导致 IndexError 异常。请改用 line.startswith(...)。

最终代码：

files = ["1.fasta", "2.fasta", "3.fasta"]
for file in files:
    with open(file, "r") as input:
        for line in input:
            if line.startswith(">"):
                new_name = os.path.splitext(os.path.basename(file)) + "_chromosome.fasta"
                with open(new_name, "w") as output:
                    output.write(line)

经常有人来找我说“太可爱了”。并不真地：）。缩进级别清楚地表明什么是哪个上下文。

在 python 中使用变量作为新文件名称的一部分

Using variable as part of name of new file in python

python

fasta