从R中的文本文件中提取一行数值

Question

问题： 我需要从文本文件中提取数值并将字符串转换为数值。

例如，在我的文本文件中：

亚达亚达亚达...

基频：0.247 0.355 0.158 0.261

等等等等...

alpha[0]: 0.466477 rates[0] ac ag at cg ct gt: 0.0987 2.4837 0.4734 0.4902 0.2713 1.0000

更多字... 文本文件结束。

我需要退出： base（一个向量，应该是（0.247,0.355,0.158,0.261）） alpha（一个应该等于 0.466477 的变量） rates（一个向量应该等于（0.0987，2.4837，0.4734，0.4902））

我做了什么

library(tm)
#Read in text file
myfile <- "RAxML_info.gtr1"
mdata <- readLines(my file)
cline <- grep("Base frequencies:",mdata,value=TRUE)
as.vector(gsub("Base frequencies: ", "", cline))

[1] "0.247 0.335 0.158 0.261 "

这只是作为一个字符串处理，我无法将其作为数值向量。

使用 RStudio 和 R 版本 3.3.1

Answer 1

根据@HubertL 的评论，您可以使用 strsplit 从您所在的位置到达您想要的位置：

line <- "0.247 0.335 0.158 0.261 "
line <- strsplit( line, split = " " )[[1]]
line <- as.numeric( line )

line
[1] 0.247 0.335 0.158 0.261

Answer 2

output <- "0.247 0.335 0.158 0.261 " 
as.numeric(unlist(strsplit(output, " ")))
[1] 0.247 0.335 0.158 0.261

Answer 3

我们可以使用scan

scan(text=output, what = numeric(), quiet=TRUE)
#[1] 0.247 0.335 0.158 0.261

数据

output <- "0.247 0.335 0.158 0.261 "

从R中的文本文件中提取一行数值

extracting a line of numerical values from text file in R

r

character

text-mining

数据