R - 在终端中使用用户输入文件

Question

我写了一个简单的脚本，它将一个 csv 文件作为输入，进行一些操作，然后 returns 一个 txt 文件。

1 bpseq <- read.csv(file = "/home/Desktop/bpseq.csv", header = FALSE)
2 names(bpseq) <- c("posi", "res", "posj") #bpseq has 3 columns
3 df <- data.frame(posi=integer(nrow(bpseq)),
4                 ...
5                 posj=character(nrow(bpseq)))
6 df$posi <- bpseq$posi
7 df$posj <- bpseq$posj
7 write.table(df, file = "/home/Desktop/bpseq_CLnotation.txt", col.names = F, row.names = F, sep = "\t")

这很好用，我可以运行它在 "Rscript mybeautifulscript.R" 的命令中成功。

但我希望用户能够选择输入文件！我当然试过了

bpseq <- read.csv(file.choose())

当我在 RStudio 中运行它工作得很好，但我希望我的同事，对 R 不友好，能够在终端中运行它。

从这个错误 returns 我了解到 file.choose() 不是执行此操作的方法！该函数正在读取我的下一行代码，假设它是文件，当它是名称（bpseq）时，添加代码中的第 2 行。

Nathalie 写了一个很好的相关答案，在某些方面对我有帮助，但我仍然不知道在命令行中获取用户输入文件的正确方法。有人知道怎么做吗？

Answer 1

找到了！添加到我的代码行 -1 和 0 并更改前一段代码中的第 1 行：

-1 args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
 0 fn <- args[1]
 1 bpseq <- read.csv(fn, header = FALSE)

运行在终端中这样：

Rscript mybeautifulscript.R inputfile.csv

R - 在终端中使用用户输入文件

R - use user input file in terminal

terminal

user-input

r