在流式细胞术中以对数刻度表示负数据

Representing negative data on a log scale in Flow Cytometry

我正在创建一个在 XY 图中绘制流式细胞术数据的大学应用程序。它看起来像这样:

它适用于线性图,但当我需要使用对数图时,我无法表示小于 0 的数据,因为负数的对数未定义。

那么在流式细胞术中以对数刻度表示负数的可接受方式是什么?

一个选项是将一个常数值添加到所有值,以便最小值为 .001。但是,我已经看到现有的流式细胞术软件,但看起来他们并没有使用这种方法(至少在我未经训练的眼中如此)。那么普遍接受的使用方法是什么?

编辑

这不是 this question 的副本。我特别询问在流式细胞术中以对数刻度表示负数的公认方法是什么——通常不是如何在对数刻度上表示负数。上下文 - 用于血液分析的流式细胞术 - 非常重要,因为它非常主观,并且使它成为一个不同的问题。

编辑 This article 建议使用名为 'logicle' 的东西来显示负值。好像是线性和对数的结合。

以下文章支持使用logicle:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4761345

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16604519

http://www.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cyto.a.20258/pdf

此处似乎提供了转换代码:

https://www.github.com/Bioconductor-mirror/flowCore

由于问题不仅限于Logicle,我提供了更广泛的选择。

问题表述:
通常,测量的细胞计数标记表达的增加往往与指数值增长相结合。逻辑上的后续步骤是应用对数变换。 (目的是可以将数据可视化以进行门控,或者转换只是数据预处理的一部分。)由于您不能记录任何负数,因此开发了不同的类对数函数,通常基于所谓的 bi-exponential functions.

一些常用的变换(参考科学论文):

  1. 反双曲正弦


for every real x

Used 来自 Cytobank。
许多令人难忘的质谱流式细胞术出版物(例如被引用最多的 publication 在 2017 年 Google 学者中使用搜索短语“mass cytometry”)也使用 arcsinh。

注意术语 cofactor,arcsinh 的应用如下:

  1. Logicle

  2. Hyperlog

另一个有帮助的非学术性 source