替换 ipython 的系统 shell 命令中的循环变量

Question

我想遍历（样本名称）列表，并使用 ipython 的系统 shell 命令（“！”）对每个样本重复相同的命令。我以前这样做没有问题，但在此特定代码下不断收到 SyntaxError。如果您知道哪里出了问题，请告诉我 - 谢谢！

这里是示例代码（现实中还有更多示例）：

samples = ["ERR007200", "ERR007204", "ERR007208"]
def remove_ambMap():
    !samtools view -q 20 -b home/pathToFile/{samp}.realn.bam | samtools sort - {samp}
for samp in samples:
    remove_ambMap()

请注意，samtools 是一个位于 $PATH 中的程序，如果我执行指定文件路径的命令，它就可以工作 - 抱歉，这将无法重现，因为您需要安装该程序，这些是大量基因组文件 - 我希望有人能够发现问题所在！

Answer 1

对于此类任务，您需要使用 subprocess 模块；这最简单的方法是将 call 方法与 shell=True:

一起使用

from subprocess import call

def remove_ambMap(samp):
    call('samtools view -q 20 -b home/pathToFile/{samp}.realn.bam '
         '| samtools sort - {samp}'.format(samp=samp), shell=True)

for samp in samples:
    remove_ambMap(samp)

替换 ipython 的系统 shell 命令中的循环变量

replace loop variable in system shell command of ipython

python

for-loop

magic-function

ipython