在稀疏矩阵中逐列排列非零元素

Question

我有一个很大的稀疏矩阵，想按列对其非零元素进行排序。我现在使用的方法是将所有零转换为NA。这种方法的问题是，矩阵不再稀疏，并且在这样做时具有 space 复杂性。

有没有什么方法可以在不将零转换为 NA 的情况下使用函数 rank？可重现的例子：

library(Matrix)

TestMatrix = Matrix(c(0,100,12,0,11,
                      0,100,12,0,11,
                      0,100,12,0,11,
                      0,100,12,0,11,
                      0,100,12,0,11), 5, sparse = TRUE)

TestMatrix = replace(TestMatrix, TestMatrix == 0, NA)

apply(-TestMatrix, 2, function(x) {rank(x, na.last = TRUE)})

我想要一个相同大小的稀疏矩阵，其中非零值替换为按列排序。

Answer 1

你的例子TestMatrix:

#5 x 5 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#                        
#[1,]   .   .   .   .   .
#[2,] 100 100 100 100 100
#[3,]  12  12  12  12  12
#[4,]   .   .   .   .   .
#[5,]  11  11  11  11  11

I want a sparse matrix of the same size, with non-zero values replaced by column-wise rank.

n <- diff(TestMatrix@p)  ## number of non-zeros per column
lst <- split(TestMatrix@x, rep.int(1:ncol(TestMatrix), n))  ## columns to list
r <- unlist(lapply(lst, rank))  ## column-wise ranking and result collapsing
RankMatrix <- TestMatrix  ## copy sparse matrix
RankMatrix@x <- r  ## replace non-zero elements with rank

#5 x 5 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#              
#[1,] . . . . .
#[2,] 3 3 3 3 3
#[3,] 2 2 2 2 2
#[4,] . . . . .
#[5,] 1 1 1 1 1

在稀疏矩阵中逐列排列非零元素

Rank non zeros elements column by column in a sparse matrix

r

matrix

sparse-matrix