如何在一台设备上绘制多个 LME 残差图

Question

我正在尝试绘制多个诊断 LME 图，显示一台设备中的标准化残差与拟合值。我尝试了通常的 par(mfrow=c(2,2)) 但使用 plot(lme) 命令绘制 LME 残差不起作用，因为使用了完整的设备。

我想使用 ggplot2 中的 facet_wrap 或 facet_grid，但它不知道如何自动处理模型和绘制残差。

这是一些测试代码：

par(mfrow=c(2,2))
treatment=factor(c(rep("a",4),rep("b",4),rep("c",4)))
response=rnorm(12,2,1)
explanatory=rnorm(12,4,1)
test.lme=lme(response~explanatory,random=~1|treatment)
test.lm=lm(response~explanatory)
plot(test.lme)

比较：

par(mfrow=c(2,2))
plot(response~explanatory)
plot(test.lm)

工作正常。我怎样才能做到这一点？

Answer 1

您可以使用 grid() 包中的内容来设置视口等，但最简单的方法是使用 gridExtra 包中的 grid.arrange() 函数：

library('nlme')
set.seed(101)
treatment <- factor(c(rep("a",4),rep("b",4),rep("c",4)))
response <- rnorm(12,2,1)
explanatory <- rnorm(12,4,1)
test.lme <- lme(response~explanatory,random=~1|treatment)
library('gridExtra')
p1 <- plot(test.lme)
p2 <- plot(form=sqrt(abs(resid(.)))~fitted(.),test.lme)
grid.arrange(p1,p2)

您可以指定行数和列数等。

Answer 2

现在有一个函数 ggplot::autoplot() 将接受模型对象并在方面绘制所有四个诊断。

编辑：糟糕，它实际上在 ggfortify 包中，并且在加载时显然屏蔽了 ggplot2::autoplot()，这就是为什么我认为它在 ggplot2 中。

如何在一台设备上绘制多个 LME 残差图

How to plot multiple LME residual plots in one device

plot

r

ggplot2