Bash 脚本只循环运行一次

Question

我正在尝试解析一个输入文件（我的测试文件是 4 行），然后查询在线生物数据库。但是我的循环似乎在返回第一个结果后停止了。

#!/bin/bash
if [ "" = "" ]; then
        echo "No input file to parse given. Give me a BLAST output file"
else
        file=
        #Extracts GI from each result and stores it on temp file.
        rm -rf /home/chris/TEMP/tempfile.txt
        awk -F '|' '{printf("%s\n",);}' "$file" >> /home/chris/TEMP/tempfile.txt
        #gets the species from each gi.
        input="/home/chris/TEMP/tempfile.txt"
        while read -r i
        do
                echo GI:"$i"
                /home/chris/EntrezDirect/edirect/esearch -db protein -query "$i" | /home/chris/EntrezDirect/edirect/efetch -format gpc | /home/chris/EntrezDirect/edirect/xtract -insd source o
rganism | cut -f2 
        done < "$input"
        rm -rf /home/chris/TEMP/tempfile.txt
fi

例如，我唯一的输出是

GI:751637161

Pseudomonas stutzeri group

而我应该有 4 个结果。感谢任何帮助并提前致谢。

这是示例输入的格式：

TARA042SRF022_1 gi|751637161|ref|WP_041104882.1|    40.4    151 82  2   999 547 1   143 2.8e-21 110.9
TARA042SRF022_2 gi|1057355277|ref|WP_068715547.1|   62.7    263 96  1   915 133 80  342 7.1e-96 358.6
TARA042SRF022_3 gi|950462516|ref|WP_057369049.1|    38.3    47  29  0   184 44  152 198 5.1e+01 36.2
TARA042SRF022_4 gi|918428433|ref|WP_052479609.1|    37.5    48  29  1   525 668 192 238 6.1e+01 37.0

Answer 1

使用cut从ASCII文件中提取列，使用-d选项表示分隔符，使用-f指定列。像这样将所有内容包裹在一个循环中

$ cat data.txt
TARA042SRF022_1 gi|751637161|ref|WP_041104882.1|    40.4    151 82  2   999 547 1   143 2.8e-21 110.9
TARA042SRF022_2 gi|1057355277|ref|WP_068715547.1|   62.7    263 96  1   915 133 80  342 7.1e-96 358.6
TARA042SRF022_3 gi|950462516|ref|WP_057369049.1|    38.3    47  29  0   184 44  152 198 5.1e+01 36.2
TARA042SRF022_4 gi|918428433|ref|WP_052479609.1|    37.5    48  29  1   525 668 192 238 6.1e+01 37.0

$ cat t.sh
#!/bin/bash

for gi in $(cut -d"|" -f 2 data.txt); do
    echo $gi
done

$ bash t.sh
751637161
1057355277
950462516
918428433

编辑：我无法重现该问题，但我觉得它与换行符有关 and/or 使用临时文件。我的建议省略了这个但没有回答你的实际问题（但我猜你的问题）

Answer 2

似乎 read -r i 在其第二次调用时以非零退出状态返回，表明没有更多数据可从输入文件中读取。这通常意味着 while 循环内的命令是也从标准输入读取，并且在 read 有机会之前消耗文件的剩余部分。

这里唯一的候选者是 esearch，因为 echo 不是从标准输入读取的，其他命令都是从管道中的前一个命令读取的。重定向 esearch 的标准输入，使其不会无意中消耗您的输入数据。

while read -r i
do
    echo GI:"$i"
    /home/chris/EntrezDirect/edirect/esearch -db protein -query "$i" < /dev/null |
      /home/chris/EntrezDirect/edirect/efetch -format gpc |
      /home/chris/EntrezDirect/edirect/xtract -insd source organism |
      cut -f2 
done < "$input"

Bash 脚本只循环运行一次

Bash script loop only running once

bash

loops

bioinformatics

Bash 脚本只循环 运行 一次

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