即使 pdb 退出，Biopython 也无法下载文件

Question

我正在尝试将 biopython 与 python3 一起使用以自动下载 pdb。但是，对于一些 pdb，我遇到了 404 错误的问题。

urllib.error.HTTPError: HTTP Error 404: Not Found

一个它不起作用但应该起作用的例子是：4YUU pdb 文件存在于数据库中，我看不出与下载的 pdbs biopython 有任何区别。任何帮助将不胜感激。

使用代码：

import Bio
from Bio.PDB import PDBList
pdbl=PDBList()
pdbl.retrieve_pdb_file('4YUU')

Answer 1

4YUU 的 PDF 格式文件确实不存在，转到 http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=4YUU 4YUU（Crystal 来自红藻的产氧光系统 II 的结构），并在 "Display Files" 和 "Download Files" 菜单 PDB 格式条目显示为灰色。

如果不进一步研究，我猜这是一个非常大的蛋白质，或者有其他东西无法在基于旧文本的 PDB 文件格式中表示。

尝试通过网站下载 PDBx/mmCIF 文件，Biopython 应该能够解析该文件。

请注意，Biopython 的下一个版本（将是 Biopython 1.69）更改了 PDBList 下载代码以支持此功能。

即使 pdb 退出，Biopython 也无法下载文件

Biopython can't download file even if pdb exits

biopython