使用 R 中的 for 循环为每个因素打印多个 ggplots

Question

我是 R 的新手，这是我在 Whosebug 上的第一个问题，所以如果有任何不清楚的地方请告诉我！
我有一个由因子变量 df$site 拆分的大型数据集。对于每个站点，我需要打印几个图（比如 A 和 B）。到目前为止，我已经设法将所有绘图单独打印为单独的 PDF 文件（使用下面的代码）。
但是，我需要将这些图分组到一个大的 PDF 中 - 每个页面都包含每个站点的图 A 和图 B，例如
第 1 页 - 站点 1 - 地块 A1，地块 B1
第 2 页 - 站点 2 - 地块 A2、地块 B2（依此类推）。
我将非常感谢有关如何执行此操作的一些建议！

doplot = invisible(by(df, df$site, function(i) {

A <- ggplot(i, aes(x, y1))+ geom_point() + ggtitle(unique(i$site))  
B <- ggplot(i, aes(x, y2))+ geom_point() + ggtitle(unique(i$site))

ggsave(sprintf("%s_A.pdf", unique(i$site)), A)
ggsave(sprintf("%s_B.pdf", unique(i$site)), B)
}))

lapply(unique(df$site), doplot)

我不确定如何 post 样本数据，所以这是一个简化的样本：

site    x   y1  y2
site_1  3.56    0.337674318 1.935941597
site_1  4.31    1.559665628 2.402924583
site_1  4.36    1.523297984 2.600534832
site_1  5.03    2.261701756 2.394485714
site_1  5.23    2.573428703 2.686396123
site_1  5.33    2.582030907 2.600534832
site_1  5.69    2.842581635 2.723667517
site_2  3.79    2.793543915 3.265708161
site_2  4.49    3.353407259 3.701443333
site_2  4.88    3.363259555 3.733048672
site_2  4.94    3.550471097 3.780780075
site_2  4.88    3.590317006 3.848359519
site_2  5.31    3.708100041 3.922750337
site_2  5.26    3.735499016 3.906067837
site_2  4.22    3.074269438 4.091499816
site_2  6.72    4.329273722 4.35481919
site_2  6.46    4.283464186 4.326989203

我上传了一个示例 .csv 文件 here。谢谢！

Answer 1

您可以使用 ggplot2 分面将所有绘图放在同一页上：

ggplot(df, aes(x=x, y=y1)) +
  geom_point() + 
  facet_grid(. ~ site)

Answer 2

@Luise，使用您的 'sample.csv' 文件，这将为您提供要求的文件，每页 2 个图，按 'site' 分组。（确保变量 'site' 是一个因素。您应该使用 'str(df)' 检查它）。我使用 'grid.Extra' 包中的 'grid.arrange' 函数来放置绘图。如果 pdf 函数中没有名称参数，绘图将打印到默认的 'Rplots.pdf' 文件。

require(ggplot2)
require(gridExtra)
pdf(onefile = TRUE)
for(i in 1:length(levels(df$site))){
  A <- ggplot(df[df$site == levels(df$site)[i],], aes(x=x, y=y1)) + geom_point() + ggtitle(levels(df$site)[i])
  B <- ggplot(df[df$site == levels(df$site)[i],], aes(x=x, y=y2)) + geom_point() + ggtitle(levels(df$site)[i])
  grid.arrange(A, B)
}
dev.off()

您可以下载输出文件here。

使用 R 中的 for 循环为每个因素打印多个 ggplots

Print multiple ggplots for each factor using a for loop in R

for-loop

r

ggplot2