在多个数据列上使用 ggplot2 在 R 中绘制小提琴图
Violin Plot in R using ggplot2 on multiple data columns
我是 R 的新手，正在尝试为每个采样深度的各种物种制作物种计数数据的小提琴图。数据如下所示
Depth Cd Cf Cl
1 3.6576 0 2 0
2 4.0000 2 13 0
3 4.2672 0 0 0
4 13.1064 0 2 0
5 14.0000 3 17 10
6 17.0000 0 0 0
第 2-5 列为物种，第 1 列为深度。我正在尝试在 R 中使用 ggplot2，但假设数据的组织方式不适合 ggplot2。理想情况下，我希望深度为 y 轴，物种为 x 轴，每个都有小提琴图。谢谢您的帮助。
亚历克斯
就像您已经怀疑的那样，您需要重塑数据。使用 tidyr::gather 将格式从 "wide" 更改为 "long"，在这种情况下，这是在 x 轴上绘制物种所必需的。此外，您需要扩展可以使用 slice.
实现的计数数据
library(tidyverse)
zz <- "Depth Cd Cf Cl
1 3.6576 0 2 0
2 4.0000 2 13 0
3 4.2672 0 0 0
4 13.1064 0 2 0
5 14.0000 3 17 10
6 17.0000 0 0 0"
my_dat <- read.table(text = zz, header = T)
my_dat %>%
gather(species, val, -Depth) %>%
slice(rep(row_number(), val)) %>%
ggplot(aes(species, Depth)) +
geom_violin(adjust = .5)
首先重塑您的数据：
library(tidyverse)
my_dat2 <- my_dat %>%
gather(species, val, -Depth) %>%
slice(rep(row_number(), val)) %>%
select(-val)
ggplot(my_dat2, aes(species, Depth)) +
geom_violin()
请注意，Cl 只有一行，因为您只有一个深度。
我是 R 的新手，正在尝试为每个采样深度的各种物种制作物种计数数据的小提琴图。数据如下所示
Depth Cd Cf Cl
1 3.6576 0 2 0
2 4.0000 2 13 0
3 4.2672 0 0 0
4 13.1064 0 2 0
5 14.0000 3 17 10
6 17.0000 0 0 0
第 2-5 列为物种，第 1 列为深度。我正在尝试在 R 中使用 ggplot2，但假设数据的组织方式不适合 ggplot2。理想情况下，我希望深度为 y 轴，物种为 x 轴，每个都有小提琴图。谢谢您的帮助。 亚历克斯
就像您已经怀疑的那样，您需要重塑数据。使用 tidyr::gather 将格式从 "wide" 更改为 "long"，在这种情况下，这是在 x 轴上绘制物种所必需的。此外，您需要扩展可以使用 slice.
library(tidyverse)
zz <- "Depth Cd Cf Cl
1 3.6576 0 2 0
2 4.0000 2 13 0
3 4.2672 0 0 0
4 13.1064 0 2 0
5 14.0000 3 17 10
6 17.0000 0 0 0"
my_dat <- read.table(text = zz, header = T)
my_dat %>%
gather(species, val, -Depth) %>%
slice(rep(row_number(), val)) %>%
ggplot(aes(species, Depth)) +
geom_violin(adjust = .5)
首先重塑您的数据：
library(tidyverse)
my_dat2 <- my_dat %>%
gather(species, val, -Depth) %>%
slice(rep(row_number(), val)) %>%
select(-val)
ggplot(my_dat2, aes(species, Depth)) +
geom_violin()
请注意，Cl 只有一行，因为您只有一个深度。