如何使用函数 dendrogram(tree, name, value) 在 Matlab 中将 Label 放入树状图中？

Question

我尝试了以下 link（不幸的是，没有用）： Associated Labels in a dendrogram plot - MATLAB 而不是站 ID，我的将是 PDBId。

我的问题： 我正在从 csv 文件创建树状图 "similarity_nogrp.csv" :

PDBId 0         1         2           3             4     
1A06 1         0.05344457 0.439285476 0.46664877 0.40868216 
1B6C 0.05344457 1         0.03371103 0.029899324 0.033972369
1BO1 0.439285476 0.03371103 1         0.5579095 0.488785068 
1CDK 0.46664877 0.029899324 0.5579095 1         0.50682912 
1CJA 0.40868216 0.033972369 0.488785068 0.50682912 1 
1CSN 0.490366809 0.047467331 0.50842029 0.533638473 0.465180315
1E8X 0.036246998 0.002009194 0.057903016 0.066882369 0.058359239

在这里，在第一行，

PDBId 是行 ID，

0 1 2 3 4 是列号，

我想根据 PDBId 标记叶节点，但是当我从第 2 列读取 csv 文件时（只有数字，留下 PDBIds），稍后将 'Labels' 设置为 'PDBId'在 dendrogram() 中，我收到错误：

这是我的代码：

filename = 'D:\matlab codes\similarity_nogrp.csv'
X = csvread(filename,1,1) 
Z = linkage(X,'average')
C = cluster(Z, 'maxclust', 3)
H = dendrogram(Z,'Orientation','left','Labels',filename.PDBId)

最后一行的错误是：

??? Attempt to reference field of non-structure array.

请提供一种方法，使我可以使用 PDBId 作为叶节点的标签。提前致谢。

Answer 1

所以，您的问题是您试图访问 filename 的结构字段，但 filename 是字符数组，而不是结构。此外，readcsv 只能读取数值，因此无论如何它都不会为您获取标签。

您可以使用 readtable 来获取行名和列名，然后从 table 中读取行名。这是我使用的代码：

filename = 'D:\matlab codes\similarity_nogrp.csv';
T = tableread(filename,'ReadVariableNames', true, 'ReadRowNames', true)
X = T{:,:}; % Get the data from the table without row/col names
Z = linkage(X,'average')
C = cluster(Z, 'maxclust', 3)
H = dendrogram(Z,'Orientation','left','Labels',T.Properties.RowNames)

我得到的结果是：

如何使用函数 dendrogram(tree, name, value) 在 Matlab 中将 Label 放入树状图中？

How to put Label in a dendogram in Matlab using function dendrogram(tree, name, value)?

csv

matlab

customization

labels

dendrogram