如何在 heatmap.2 中使用 NJ 树重建？
How to use NJ tree reconstruction in heatmap.2?
我正在使用 gplots R 包中的 heatmap.2() 函数，这是一个很棒的函数。
此函数使用 hlcust 构造树以重新排序数据。我的问题是 hclust 不能使用 Neighbor-Joining 方法来构建树。
我的问题是，如何将 Nj 算法与 heatmap.2 函数一起使用。
我尝试了 heatmap.2( hclustfun = function(x) nj(x) ) 和 nj() 是 package ape 中的一个函数来计算 NJ 树，但我有以下问题：
Error in UseMethod("as.dendrogram") :
pas de méthode pour 'as.dendrogram' applicable pour un objet de classe "phylo"
如何从 nj() 函数中获取树状图对象并将其提供给 heatmap.2？
太好了，我在这里找到了解决方案：
http://www.polarmicrobes.org/merging-a-phylogenetic-tree-with-a-heatmap-in-r/
它似乎适用于我的数据
我正在使用 gplots R 包中的 heatmap.2() 函数，这是一个很棒的函数。
此函数使用 hlcust 构造树以重新排序数据。我的问题是 hclust 不能使用 Neighbor-Joining 方法来构建树。
我的问题是，如何将 Nj 算法与 heatmap.2 函数一起使用。
我尝试了 heatmap.2( hclustfun = function(x) nj(x) ) 和 nj() 是 package ape 中的一个函数来计算 NJ 树，但我有以下问题：
Error in UseMethod("as.dendrogram") :
pas de méthode pour 'as.dendrogram' applicable pour un objet de classe "phylo"
如何从 nj() 函数中获取树状图对象并将其提供给 heatmap.2？
太好了，我在这里找到了解决方案：
http://www.polarmicrobes.org/merging-a-phylogenetic-tree-with-a-heatmap-in-r/
它似乎适用于我的数据