二维 numpy 数组到 skimage

Question

我想知道如何转换 [x, y]（像素位置）形式的 numpy 数组：

[[ 93  58]
 [ 94  58]
 [ 95  58]
 ..., 
 [ 99 142]
 [100 142]
 [101 142]]

使用 skimage 的表格。为此，我认为我需要将数组标准化为适合数据集的 canvas 大小宽度 x 高度（比如 500 x 500）。

最终我想对这个阵列进行edge/contour检测。

http://scikit-image.org/docs/dev/auto_examples/edges/plot_contours.html

我怎样才能规范化这些数据，使其成为 skimage 需要的形式？

http://scikit-image.org/docs/dev/user_guide/data_types.html

Answer 1

找到了一个不错的解决方案。使用 matplotlib 生成像素位置 [x,y] numpy 的 rgb 表示 > 使用 skimage color.rgb2gray 将其转换为 skimage 格式。

fig = Figure()
canvas = FigureCanvas(fig)
ax = fig.add_subplot(111)

ax.axis('off')
fig.patch.set_facecolor('white')
print(data.shape)
ax.fill(data[:, [0]], data[:, [1]],'black')

# Set canvas size
mi = min(x_min, y_min)
ma = max(x_max, y_max)
ax.set_xlim(mi, ma)
ax.set_ylim(mi, ma)
fig.canvas.draw()
buf = fig.canvas.tostring_rgb()
ncols, nrows = fig.canvas.get_width_height()
new_data = np.fromstring(buf, dtype=np.uint8).reshape(nrows, ncols, 3)
new_data.reshape(nrows, ncols, 3)

image = color.rgb2gray(new_data)

return image

Answer 2

无需调用任何外部函数，这是一种将一系列 x,y 数据点 transform/convert 转换为适用于 skimage 的二维数组的简单方法：

def xy_to_binary2d(ts):
    '''Convert a list of (x,y) tuples to binary 2d format acceptable to skimage.'''
    if ts.dtype != 'int32': 
        print('Only integer input is supported.')

    xmax,ymax = ts.max(axis=0)
    __,ymin = ts.min(axis=0)

    if ymin < 0:
        print('Negative integers are not supported.')

    r = np.zeros((ymax+2,xmax+2))
    for each in ts:r.itemset(each[1],each[0])

    return r

让我们测试一下：

ts =np.array([[1,1],[2,1],[3,2],[4,3],[5,5],[6,8],[7,13]])
xy_to_binary2d(ts)

输出：

array([[ 0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.],
   [ 0.,  1.,  1.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.],
   [ 0.,  0.,  0.,  1.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.],
   [ 0.,  0.,  0.,  0.,  1.,  0.,  0.,  0.,  0.],
   [ 0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.],
   [ 0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  1.,  0.,  0.,  0.],
   [ 0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.],
   [ 0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.],
   [ 0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  1.,  0.,  0.],
   [ 0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.],
   [ 0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.],
   [ 0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.],
   [ 0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.],
   [ 0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  1.,  0.],
   [ 0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.]])

而且，一张漂亮的照片... plt.imshow(xy_to_binary2d(ts))

二维 numpy 数组到 skimage

2D numpy Array to skimage

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