导致自动生成检查错误的函数 RcppExports.R

Question

我正在使用 Rcpp 0.12.11 和 R 3.4.0。

当我将 Rcpp 升级到 0.12.11 时，Rcpp::compileAttributes 自动生成的 R 文件 RcppExports.R 开始给我稍微不同的函数调用

 run_graph_match <- function(A, B, algorithm_params) {
 # Rcpp 0.12.10
.Call('RGraphM_run_graph_match', PACKAGE = 'RGraphM', A, B, algorithm_params)

 # Rcpp 0.12.11
.Call(RGraphM_run_graph_match, A, B, algorithm_params)
}

是否有简单的方法来解释更改背后的原因？

后一个函数在检查R包时会出错。例如，错误如符号 'RGraphM_run_graph_match' 不在命名空间中： .Call(RGraphM_run_graph_match, A, B, algorithm_params)

Answer 1

恭喜，您已经体验了 R 3.4.0 中添加的 Section 5.4: Registering native routines 要求。该要求强制包含一个 src/init.c 文件，该文件注册了每个 C++ 函数及其参数。因此，Rcpp 0.12.11 在 RcppExports.cpp 中生成了这个文件。同时，这个问题所基于的 RcppExports.R 文件的上下文取决于用户是否适当地设置了 useDynLib(pkgname, .registration=TRUE) 或 useDynLib(pkgname)，后者并不理想，因为它没有利用接下来讨论的 Rcpp 0.12.11 中引入的新选项。

由于 CRAN 政策的这种转变，Rcpp ¹ 属性的创建者 JJ Allaire 受到启发，提出了 Douglas Bates 在 2012 年提出的建议，当时首次添加属性。具体来说，目标是将调用从基于字符串的调用更改为符号调用。更改背后的基本原理简单地说，当程序包加载时，符号就在手边，而每次函数运行时，都必须查找字符串并将其转换为符号。因此，与过去 Rcpp 基于字符串的方法相比，符号查找在重复调用中的开销更低。

基本上，这一行：

.Call('RGraphM_run_graph_match', PACKAGE = 'RGraphM', A, B, algorithm_params)

涉及 R 在每次调用包含 R 函数时查找符号以访问 C++ 函数。

同时，这一行：

.Call(RGraphM_run_graph_match, A, B, algorithm_params)

是对 C++ 函数的直接调用，因为该符号已经在内存中。

这些是 为什么 Rcpp 改变了 RcppExports.R 自动生成方式的主要原因。这种方法的缺点之一是无法像以前那样全局导出所有函数。特别是，一些在 NAMESPACE 文件中包含全局符号导出语句的用户，例如

exportPattern("^[[:alpha:]]+")

不得不删除它并选择手动指定应导出哪些函数或变量。

更多详情，不妨看看介绍该功能的GitHubPR：

https://github.com/RcppCore/Rcpp/pull/694

1：有关属性的更多信息，请参阅我的历史记录post：http://thecoatlessprofessor.com/programming/rcpp/to-rcpp-attributes-and-beyond-from-inline/

导致自动生成检查错误的函数 RcppExports.R

function leading to check error in automatically generated RcppExports.R

r

rcpp