/usr/lib64/libstdc++.so.6：加载 R 包时找不到版本“CXXABI_1.3.8”

Question

我知道这个问题已经被问过很多次了，但我的情况很特殊：我正在使用一个 Linux 集群，我没有 root 但只能使用像 "module load gcc" 这样的命令 "module load mkl" "module load R3.3/mkl" 依此类推加载库。

最近我尝试在该集群上以我的帐户安装 mxnet，之后一切似乎都正常，但后来我使用 "module load R3.3/mkl" 而不是 "module load R3.2/mkl" 从 R3.2 切换到 R3.2 , 但现在当我尝试加载像 stringi 这样的 R 包时，它说

library(stringi), Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : unable to load shared object '/home/hpc/pr74ze/ru37wof2/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/stringi/libs/x 86_64/stringi.so': /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found (required by /home/hpc/pr74ze/ru37wof2/R/x86 _64-pc-linux-gnu-library/3.3/stringi/libs/x86_64/stringi.so) Error: package or namespace load failed for ‘stringi’

我记得之前试过加载gsl

module list
Currently Loaded Modulefiles:
 1) admin/1.0     3) intel/16.0   5) mpi.intel/5.1   7) R/3.3mkl   9) git/latest  11) gsl/1.16  
 2) tempdir/1.0   4) mkl/11.3     6) lrz/default     8) nano/2.2  10) gcc/4.9

如果我运行以下

echo $LD_LIBRARY_PATH
    /usr/lib64:/lrz/mnt/sys.x86_64/compilers/java/jdk1.7.0_51/jre/lib/amd64/server:/usr/lib64:/lrz/mnt/sys.x86
    _64/compilers/java/jdk1.7.0_51/jre/lib/amd64/server:/lrz/sys/libraries/gsl/1.16/lib:/lrz/sys/compilers/gcc
    /4.9.3/lib64:/lrz/sys/compilers/gcc/4.9.3/lib:/lrz/sys/applications/R/3.3.1_MKL/lib64/R/lib/x86_64:/lrz/sy
    s/intel/impi/5.1.3.181/lib64:/lrz/sys/intel/studio2016_u4/compilers_and_libraries_2016.4.258/linux/mkl/lib
    /intel64:/lrz/sys/intel/studio2016_u4/debugger_2016/libipt/intel64/lib:/lrz/sys/intel/studio2016_u4/compil
    ers_and_libraries_2016.4.258/linux/compiler/lib/intel64

如果我尝试安装 RcppZiggurat

* installing *source* package ‘RcppZiggurat’ ...
** package ‘RcppZiggurat’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
*** arch - x86_64
icpc -I/lrz/sys/applications/R/3.3.1_MKL/lib64/R/include -I/lrz/sys/applications/R/3.3.1_MKL/lib64/R/include/x86_64 -DNDEBUG -I. -I../inst/include -I/usr/local/include -I"/home/hpc/pr74ze/ru37wof2/R/x86_64-pc-lin
ux-gnu-library/3.3/Rcpp/include" -I"/home/hpc/pr74ze/ru37wof2/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/RcppGSL/include"   -fpic  -O3  -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
In file included from /home/hpc/pr74ze/ru37wof2/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/RcppGSL/include/RcppGSL.h(25),
                 from RcppExports.cpp(4):
/home/hpc/pr74ze/ru37wof2/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/RcppGSL/include/RcppGSLForward.h(26): catastrophic error: cannot open source file "gsl/gsl_vector.h"
  #include <gsl/gsl_vector.h>
                              ^

compilation aborted for RcppExports.cpp (code 4)

但是我应该如何着手找出问题所在呢？

Answer 1

注意隐藏在 /home/hpc/pr74ze/ru37wof2/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/stringi/libs/x 86_64/stringi.so 中的 3.3 -- 你可能在 3.2 下构建它，所以它位于 /home/hpc/pr74ze/ru37wof2/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2.

下面

您可以通过直接或通过环境变量设置自己的 .libPaths() 来解决这个问题——您可能需要类似 ~/R/library 的东西。有关详细信息，请参阅 help(Startup)。

/usr/lib64/libstdc++.so.6：加载 R 包时找不到版本“CXXABI_1.3.8”

/usr/lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found when loading R packages

c++

linux

gcc

r

rcpp