为图中选定的社区分配颜色

Question

在一个情节中，我需要给两个特定的社区上色。取如下数据框：

    A   B   C   D   E   F   G
A   0   1   0   1   0   1   0
B   1   0   1   1   0   1   0
C   0   1   0   0   0   0   0
D   1   1   0   0   1   1   0
E   0   0   0   1   0   1   0
F   1   1   0   1   1   0   1
G   0   0   0   0   0   1   0

ob <- read.csv("...ties.csv",sep = ",", header = TRUE, row.names = 1)
m <- as.matrix(ob)
g <- graph.adjacency(m, mode="undirected", weighted = T, add.rownames = T)

首先，我使用 edge.betweenness:

检测图 g 的社区 (com)

com <- edge.betweenness.community(g)
V(g)$memb <- com$membership

此操作会生成多个社区，com[[1]]、com[[2]] 等。我使用以下代码绘制结果图——每个社区一种颜色：

plot(g, vertex.color=membership(com))

现在，我如何只给两个选定的社区着色，比如 com[[1]] 和 com[[2]]，同时保持其余节点的均匀性？

Answer 1

我不得不调整您的邻接矩阵，以便出现 1 个以上的社区。

library(igraph)
ob <- read.table(text="
    A   B   C   D   E   F   G
A   0   1   0   1   0   1   0
B   1   0   1   1   0   1   0
C   0   0   0   0   0   0   0
D   1   1   0   0   1   0   0
E   0   0   0   1   0   1   1
F   0   1   0   0   1   0   1
G   0   0   0   0   1   1   0", header=TRUE)

m <- as.matrix(ob)
g <- graph.adjacency(m, mode="undirected", weighted = T, add.rownames = T)
com <- edge.betweenness.community(g)
V(g)$memb <- com$membership

cols <- membership(com)  
cols[cols!=3] <- 1

plot(g, vertex.color=cols)

为图中选定的社区分配颜色

Assign colour to chosen communities in a plot

plot

r

igraph