如何从 networkx 生成父子关系数据以使用 d3.js？

Question

我想从 python networkx 生成父子关系数据。我正在使用多重图。我想使用下面的 javascript 以 html 格式生成我的图表：

https://bl.ocks.org/mbostock/4339184。

数据需要采用某种格式，如上面 link 中提到的 flare.csv 文件中的格式。

所以，我的问题是如何从 networkx 生成像上面那样的数据 parent.child 关系数据？

Answer 1

首先，让我们根据您的描述创建一个图表（从技术上讲，是一棵树）：

G=nx.DiGraph()
nodes = ['n0', 'n1', 'n1_1', 'n1_2', 'n2', 'n2_1', 'n2_2', 'n2_1_1']
edges = [('n0', 'n1'), ('n0', 'n2'), 
     ('n1', 'n1_1'), ('n1', 'n1_2'),
     ('n2', 'n2_1'), ('n2', 'n2_2'),
     ('n2_1', 'n2_1_1')]

G.add_edges_from(edges)
G.add_nodes_from(nodes)

你应该先得到图的根，然后从根遍历到每一个节点。

根节点是唯一一个 in_degree 为零的节点，所以：

root = [k for k, v in G.in_degree().items() if v == 0]
# ['n0']

接下来，计算从根到每个叶子的最短路径。我们需要一个不包括根节点的节点列表。

all_but_root = [i for i in nodes if i not in root]
res =[]
for i in all_but_root:
    res.append(nx.shortest_path(G, root[0], i))

此外，如果您想要一种轻松的方式来获得格式正确的输出，您可以使用以下代码：

for i in res:
    txt = ""
    for j in i:
        if j != i[-1]:
            txt += j + "."
        else:
            txt += j + ","
    print (txt)

如何从 networkx 生成父子关系数据以使用 d3.js？

How to generate parent child relation data from networkx to work with d3.js?

networkx

d3.js