R 中使用 networkd3 的离散状态序列的桑基图

Question

我正在尝试使用 networkD3 包在 R 中创建交互式 Sankey 图，如 http://christophergandrud.github.io/networkD3/#sankey 中所述。我的数据采用离散状态序列 (DSS) 的格式。 1 行代表 1 个事件序列。 NA 表示序列已经结束。在 R 中重新创建数据样本：

x1 <- c('06002100', '06002001', '06001304', '06002100')
x2 <- c('06002100', '06002001', 'NA', 'NA')
x3 <- c('06001304', '06002100', '06002001', 'NA')
test <- as.data.frame(rbind(x1,x2,x3))

networkd3 包需要 json 形式的数据，如下所示：

URL <- paste0("https://cdn.rawgit.com/christophergandrud/networkD3/","master/JSONdata/energy.json")

以所需格式转换上面的示例数据会得到 (test.json):

{"nodes":[
{"name":"06002100"},
{"name":"06002001"},
{"name":"06001304"}
],
"links":[
{"source":0,"target":1,"value":3},
{"source":1,"target":2,"value":1},
{"source":2,"target":0,"value":2}
]}

一旦数据采用上述格式，我就可以使用以下代码绘制桑基网络。

library(networkD3) 
library(jsonlite) 
Energy <- fromJSON(txt = 'test.json') # Load the data 
result <- as.data.frame(Energy) 
sankeyNetwork(Links = Energy$links, Nodes = Energy$nodes, Source = "source", Target = "target", Value = "value", NodeID = "name", fontSize = 12, nodeWidth = 30)

我想将我拥有的 DSS 数据转换为 networkD3 所需的格式。有直接的方法吗？

networkD3 示例页面提到我可以使用 igraph 包来创建可以用 networkD3 绘制的网络图数据。不幸的是，我找不到很好的例子。

Answer 1

sankeyNetwork()最终想要的是一个Links和一个Nodes数据框。假设在您的 DSS 数据中，每个并排的节点对从左到右定义一个 link，那么您的数据框的每对连续列看起来就像 Links 数据框的一部分，带有 source 和 target 列。

首先，我修正了你的代码，使它成为真正的 NAs 而不是 "NA"...

的字符串

x1 <- c('06002100', '06002001', '06002425', '06009347', '06010001', '06010383', '06009348')
x2 <- c('06002100', '06040401', '06009347', '06039301', NA, NA, NA)
x3 <- c('06001304', '06002001', '06009346', '06002425', '06003303', NA, NA)
x4 <- c('06002100', '06040401', '06009347', '06039301', '06039302', '06032301', '06032301')
test <- as.data.frame(rbind(x1,x2,x3,x4))

为数据框中的每组连续列提取一个数据框，将它们绑定到一个长 Links 数据框中，并省略具有 NA 的行...

linklist <- lapply(1:(ncol(test) - 1), function(x) data.frame(source = test[[x]], target = test[[x+1]], stringsAsFactors = F))
links <- na.omit(do.call(rbind, linklist))

制作一个包含所有唯一节点名称的向量并从中制作一个 Nodes 数据框，根据 Nodes 中的零索引名称构建一个 Links 数据框数据框，然后绘制它...

node_names <- factor(sort(unique(c(as.character(links$source), 
                                   as.character(links$target)))))
nodes <- data.frame(name = node_names)
links <- data.frame(source = match(links$source, node_names) - 1, 
                    target = match(links$target, node_names) - 1,
                    value = 1)

library(networkD3)
sankeyNetwork(links, nodes, "source", "target", "value", "name")

R 中使用 networkd3 的离散状态序列的桑基图

Sankey diagram for Discrete State Sequences in R using networkd3

r

igraph

sankey-diagram

networkd3