python: 在生物网络上使用 networkX 作为方向边

Question

正如标题所说，我正在使用 networkX 来表示 Python 中的一些蜂窝网络。网络位于这张 post 的底部，因为它是一张大图片。

我这样做的原因是因为一些节点被认为是 "input" 而有些节点将被认为是 "output"，我需要能够计算信号路径的数量（每个节点参与的从输入到输出的路径数）。但是，我不认为 networkX 提供边缘方向性，我认为这是计算节点信号路径所必需的。

有谁知道是否可以在 networkX 中为边缘添加方向，或者是否可以计算没有方向性的信号路径？

这是我写的代码，直到我意识到我需要定向边缘：

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
G=nx.Graph()
molecules = ["CD40L", "CD40", "NF-kB", "XBP1", "Pax5", "Bach2", "Irf4", "IL-4", 
"IL-4R", "STAT6", "AID", "Blimp1", "Bcl6", "ERK", "BCR", "STAT3", "Ag", "STAT5", 
"IL-21R", "IL-21", "IL-2", "IL-2R"]
Bcl6_edges = [("Bcl6", "Bcl6"), ("Bcl6", "Blimp1"), ("Bcl6", "Irf4")]
STAT5_edges = [("STAT5", "Bcl6")]
edges = Bcl6_edges + STAT5_edges
G.add_nodes_from(molecules)
G.add_edges_from(edges)

Answer 1

为有向图尝试G = nx.DiGraph()。

python: 在生物网络上使用 networkX 作为方向边

python: using networkX on biological networks for directional edges

python

networking

path

nodes

networkx