Python 链式区间比较

Question

我正在尝试对两个文件进行链式比较，如果结果在指定的时间间隔内，printing/writing 就会得出结果。

这是我目前所拥有的。

test1 文件：

A0AUZ9,7,17 #just this one line

测试 2 文件：

A0AUZ8, DOC_PP1_RVXF_1, 8, 16, PF00149, O24930
A0AUZ9, LIG_BRCT_BRCA1_2, 127, 134, PF00533, O25336
A0AUZ9, LIG_BRCT_BRCA1_1, 127, 132, PF00533, O25336
A0AUZ9, DOC_PP1_RVXF_1, 8, 16, PF00149, O25685
A0AUZ9, DOC_PP1_RVXF_1, 8, 16, PF00149, O25155

以及脚本本身：

results = []

with open('test1', 'r') as disorder:
    for lines in disorder:
        cells = lines.strip().split(',')
        with open('test2', 'r') as helpy:
            for lines in helpy:
                blocks = lines.strip().split(',')
                if blocks[0] != cells[0]:
                    continue
                elif cells[1] <= blocks[2] and blocks[3] <= cells[2]:
                    results.append(blocks)                    

with open('test3','wt') as outfile:
    for i in results:
        outfile.write("%s\n" % i)

我的首选输出是只有 test3 中的行，即：

第一列中有匹配的 ID

第3列和第4列的两个数值介于test1文件中给出的值之间

我没有得到输出，我不确定哪里出了问题。

Answer 1

它没有按预期工作的原因之一是您比较的是 字符串 而不是数字。

但是，可能有更好的方法来完成您想要做的事情。假设第一个文件小到可以放入内存：

import csv
from collections import defaultdict

lookup_table = defaultdict(list)

with open('test1.txt') as f:
   reader = csv.reader(f)
   for row in reader:
      lookup_table[row[0]].append((int(row[1]),int(row[2])))

with open('test2.txt') as a, open('results.txt', 'w') as b:
   reader = csv.reader(a)
   writer = csv.writer(b)

   for row in reader:
      record = lookup_table.get(row[0])
      if record:
         if record[0] <= int(row[2]) and record[1] <= int(row[3]):
             writer.writerow(row)

Python 链式区间比较

Python chained interval comparison

python

csv

comparison

intervals