在 MATLAB 中创建火山图时出错

Question

我是 MATLAB 的新手，我的第一个任务是创建火山图。我一直在使用 the documentation 了解它并开始使用。

我尝试运行它的虚拟值 -

a=[1 2 3]
b=[4.6 2.7 4.5]
c=[0.05 0.33 0.45]

然后我运行 -

SigStructure = mavolcanoplot(a, b, c)

我的理解是a表示条件1的基因表达值，b表示条件2，c是3个数据点的p值列表在 a 和 b.

但是运行宁此代码给了我错误 -

Index exceeds matrix dimensions.

Error in mavolcanoplot (line 127)
appdata.effect = X(paramStruct.goodVals) - Y(paramStruct.goodVals);

Error in volc (line 4)
SigStructure = mavolcanoplot(a, b, c)

谁能解释我哪里出错了？

Answer 1

您遇到问题是因为您使用的是行向量。

在 mavolcanoplot 函数中（您可以通过在命令 window 中键入 edit mavolcanoplot 查看文件）有一个用于检查输入的本地函数，称为 check_inputdata.

您的数据通过了所有验证检查，然后遇到此部分：

% Here, 'X' and 'Y' are the local names for your inputs 'a' and 'b'
% Below code is directly from mavolcanoplot.m:

% Handle the matrix input. Use its mean values per row
if size(X, 2) > 1
    X = mean(X,2);
end    
if size(Y, 2) > 1
    Y = mean(Y,2);
end

这会将您的输入降低到它们的平均值。稍后在主函数（第 127 行）中，您遇到了所描述的错误，其中 paramStruct.goodVals 是一个 3 元素数组，它现在试图索引一个 1 元素数组但失败了！

这基本上是调试和阅读文档的一课，其中说明

DataX, DataY: If a [...] matrix, each row is a gene, each column is a sample and an average expression value is calculated for each gene.

您应该使用其中一种等效方法创建列向量输入

a=[1 2 3].';       % Using transpose (.') to create a column vector from a row vector
b=[4.6; 2.7; 4.5]; % Creating a column vector using the semi-colon operator to end each row
c=[0.05
   0.33
   0.45];          % Using actual code layout to create a column vector

在 MATLAB 中创建火山图时出错

Error in creating a volcano plot in MATLAB

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