运行 一个 python 脚本递归指示 input/output paths/names

Question

我的目录包含多个子目录，所有子目录都包含一个名为 sample.fas 的文件。在这里，我想运行一个python脚本（script.py）在每个文件sample.fas 的子目录，使用每个子目录的名称导出输出。

然而，脚本需要用户指定输入的path/name，而不是自动创建输出（需要指定path/name）。像这样：

script.py sample_1.fas output_1a.nex output_1b.fas

我尝试使用这一行，但没有成功：

while find . -name '*.fas'; # find the *fas files
do python script.py $*.fas > /path/output_1a output_1b; # run the script and export the two outputs
done

所以，我想创建一个 bash 从所有子目录中读取每个 sample.fas（运行 脚本递归），并且使用其子目录的名称导出输出。

如有任何帮助，我将不胜感激。

Answer 1

一个快速的方法是这样的：

for x in $(find . -type f -name *.fas); do 
    /usr/bin/python /my/full/path/to/script.py ${x} > /my/path/$(basename $(dirname ${x}))
done

这是针对当前目录（包括子目录）中标识的所有 .fas 文件的 运行 脚本，然后将 python 脚本输出的任何内容重定向到名为如下的文件当前处理的 .fas 文件所在的目录。此文件创建于 /my/path/。

这里有一个假设（好吧，有几个），那就是所有包含 .fas 文件的目录都有唯一的名称。此外，路径中应该没有任何空格，这可以通过适当的引用来解决。另一个假设是脚本总是输出有效数据（这只是将脚本的 all 输出重定向到该文件）。但是，这应该有望让您朝着正确的方向前进。

但我觉得我没有正确理解你的问题。如果是这种情况，您能否重新措辞并提供一棵树来显示目录和子目录的结构？

此外，如果我的回答对您有所帮助，请点击左侧的复选标记将其标记为已接受的答案，我将不胜感激。