在 shell 脚本中将命令行参数传递给 awk
passing command line arguments to awk in shell script
背景资料：
我正在尝试编写一个小的 shell 脚本，它在 .fas 文件中搜索模式（字符串）并打印找到该模式的行和位置。当我调用 shell 脚本时，以下代码片段有效：
脚本（search.sh）：
#!/bin/bash
awk 's=index([=11=], "CAATCTCC"){print "line=" NR, "start position=" s}' 100nt_upstream_of_mTSS.fas
命令行调用：
$ ./search.sh
第一个问题：
当我将脚本更改为：
awk 's=index([=13=], "CAATCTCC"){print "line=" NR, "start position=" s}'
并在我的 bash 中执行以下命令行调用：
$ ./search.sh 100nt_upstream_of_mTSS.fas
"nothing" 发生了（有些事情是 运行，但它花费的时间太长，没有结果出现，所以终止该过程）。
值得知道：
- 我在search.sh所在的目录
- 文件 100nt_upstream_of_mTSS.fas 也位于那里
- search.sh 可执行
我可能是 "screen blind"，但我找不到无法将命令行参数传递给我的脚本的原因。
解决方案 - 查看评论
注意：这种方式只会找到一行中第一次出现的模式。
第二题：
此外，我想使我搜索的主题（字符串）成为变量。我试过这个：
脚本：
#!/bin/bash
FILE=
MOTIF=
awk 's=index([=15=], "$MOTIF"){print "line=" NR, "start position=" s}' "$FILE"
命令行调用：
$ ./search.sh 100nt_upstream_of_mTSS.fas CAATCTCC
想法：第一个命令行参数有效并被正确替换。为什么第二个没有正确替换？
目前解决方案：
脚本：
#!/bin/bash
file=
awk -v s="" 'i=index([=17=], s){print "line: " NR, "pos: " i}' "$file"
测试：
测试文件（test.txt）：
1 嘎嘎嘎嘎
2 CTCTCTCTCT
3 TATATATATA
4 CGCGCGCGCG
5 CCCCCCCCCC
6 GGGGGGGGGG
7 AAAAAAAAAA
8 TTTTTTTTTT
9 TGATTTTTTT
10 CCCCCCCCGA
$ ./search.sh test.txt GA
将打印：
行：1 位置：1
行：4 位置：2
行：6 位置：1
行：9 位置：2
行：10 排名：9
此脚本将仅打印我的模式的第一个字符行中的行和第一个匹配位置。我如何设法打印所有结果并使用完整模式？
据我了解，您想将 Input_file（您想通过脚本处理的文件）作为参数传递，如果是这种情况，那么以下内容可能会对您有所帮助。
cat search.sh
#!/bin/bash
variable=
awk 's=index([=10=], "CAATCTCC"){print "line=" NR, "start position=" s}' "$variable"
./search.sh 100nt_upstream_of_mTSS.fas
背景资料：
我正在尝试编写一个小的 shell 脚本，它在 .fas 文件中搜索模式（字符串）并打印找到该模式的行和位置。当我调用 shell 脚本时，以下代码片段有效：
脚本（search.sh）：
#!/bin/bash
awk 's=index([=11=], "CAATCTCC"){print "line=" NR, "start position=" s}' 100nt_upstream_of_mTSS.fas
命令行调用：
$ ./search.sh
第一个问题：
当我将脚本更改为：
awk 's=index([=13=], "CAATCTCC"){print "line=" NR, "start position=" s}'
并在我的 bash 中执行以下命令行调用：
$ ./search.sh 100nt_upstream_of_mTSS.fas
"nothing" 发生了（有些事情是 运行，但它花费的时间太长，没有结果出现，所以终止该过程）。
值得知道：
- 我在search.sh所在的目录
- 文件 100nt_upstream_of_mTSS.fas 也位于那里
- search.sh 可执行
我可能是 "screen blind"，但我找不到无法将命令行参数传递给我的脚本的原因。
解决方案 - 查看评论
注意：这种方式只会找到一行中第一次出现的模式。
第二题：
此外，我想使我搜索的主题（字符串）成为变量。我试过这个：
脚本：
#!/bin/bash
FILE=
MOTIF=
awk 's=index([=15=], "$MOTIF"){print "line=" NR, "start position=" s}' "$FILE"
命令行调用：
$ ./search.sh 100nt_upstream_of_mTSS.fas CAATCTCC
想法：第一个命令行参数有效并被正确替换。为什么第二个没有正确替换？
目前解决方案：
脚本：
#!/bin/bash
file=
awk -v s="" 'i=index([=17=], s){print "line: " NR, "pos: " i}' "$file"
测试：
测试文件（test.txt）：
1 嘎嘎嘎嘎
2 CTCTCTCTCT
3 TATATATATA
4 CGCGCGCGCG
5 CCCCCCCCCC
6 GGGGGGGGGG
7 AAAAAAAAAA
8 TTTTTTTTTT
9 TGATTTTTTT
10 CCCCCCCCGA
$ ./search.sh test.txt GA
将打印：
行：1 位置：1
行：4 位置：2
行：6 位置：1
行：9 位置：2
行：10 排名：9
此脚本将仅打印我的模式的第一个字符行中的行和第一个匹配位置。我如何设法打印所有结果并使用完整模式？
据我了解，您想将 Input_file（您想通过脚本处理的文件）作为参数传递，如果是这种情况，那么以下内容可能会对您有所帮助。
cat search.sh
#!/bin/bash
variable=
awk 's=index([=10=], "CAATCTCC"){print "line=" NR, "start position=" s}' "$variable"
./search.sh 100nt_upstream_of_mTSS.fas