在 R markdown 报告中使用来自 Shiny 应用程序的图表和数据表

Question

我创建了一个 Shiny 应用程序，它涉及用户导入数据、操作数据、创建数据table 和相关绘图。

我想使用 Rmarkdown（我才刚刚开始使用）构建可下载的报告。但是，我不确定如何在 Rmarkdown 脚本中打印 R 中生成的数据 table 和绘图，而不从 Shiny 应用程序复制整个 R 代码。这是一段很长的代码，所以我希望能够直接使用输出。

作为示例，我复制了以下应用程序来证明我的观点。

library(shiny)

ui <- fluidPage(

   titlePanel("Old Faithful Geyser Data"),

   sidebarLayout(
      sidebarPanel(
         sliderInput("bins",
                     "Number of bins:",
                     min = 1,
                     max = 50,
                     value = 30)
      ),

      mainPanel(
         plotOutput("distPlot"),
         dataTableOutput("summary_table"),
         downloadButton("report", "Generate report")
      )

   )
)

server <- function(input, output) {

   output$distPlot <- renderPlot({
      x    <- faithful[, 2] 
      bins <- seq(min(x), max(x), length.out = input$bins + 1)

      hist(x, breaks = bins, col = 'darkgray', border = 'white')
   })

   output$summary_table <- renderDataTable({
     x <- faithful
     head(x,5)
   })

   output$report <- downloadHandler(
     filename = "report.html",
     content = function(file) {
       tempReport <- file.path(tempdir(), "report.Rmd")
       file.copy("report.Rmd", tempReport, overwrite = TRUE)
       rmarkdown::render(tempReport, output_file = file,
                         envir = new.env(parent = globalenv())
       )
     }
   )
}

shinyApp(ui = ui, server = server)

我想访问我的可下载 R markdown 文件中的绘图和数据 table。

Answer 1

我的方法，使用 app.R 和 test.Rmd

在app.R 创建一个包含 plot/chart 的反应变量（替换为您自己的图）。

chart1 <- reactive({
    ggmap(get_map(location = "Netherlands", 
                 zoom = 7, 
                 scale = 2, 
                 color="bw",
                 language = "nl-NL")) 
  })

然后，调用降价：

output$report <- downloadHandler(
filename = "test.pdf",

content = function(file) {
  src <- normalizePath('test.Rmd')

  #switch to system tempdir
  #just in case the app doesn't have write persission in the current folder
  owd <- setwd(tempdir())
  on.exit(setwd(owd))
  file.copy(src, 'test.Rmd', overwrite = TRUE)

  out <- render("test.Rmd", "pdf_document" )
  file.rename(out, file)
}

)

在.Rmd 文件中，您可以在图表上调用：

plot(chart1())

注意图表1后面的()!!!

对表以及您希望包含在降价中的所有其他对象遵循相同的结构..

在 R markdown 报告中使用来自 Shiny 应用程序的图表和数据表

Using plots and data tables from Shiny app in R markdown report

r

report

r-markdown

shiny