在 macOS 上并行执行 randomforestSRC
Parallel execution of randomforestSRC on macOS
我在使用 randomForestSRC 包并行估计随机生存林时遇到问题。我已按照 this guide 并尝试将其安装在 Mac (Sierra) 上。但是，rfsrc() 函数仍然在单个线程上运行。您能否建议如何实现并行执行，因为该函数需要很长时间才能在更大的数据集上进行计算。我直接按照教程中描述的步骤操作，但没有成功。
提前致谢！
您问题中提到的指南是 2013 年的，从那时起，OpenMP 并行执行的成功过程得到了显着简化。事实上，当前版本 (2.5.1) 在 CRAN 上可用的二进制文件应该 运行 在 Sierra 上并行。源代码包括一个现成的配置文件，它是 autoconf 命令的结果。因此，并行执行是现在的默认行为。如果您还没有升级到最新版本，我建议您这样做。如果 CRAN 提供的二进制构建仍然没有开启并行执行，我建议使用 Homebrew 或其他包管理器将编译器升级到 GCC，然后按照我们 [=15= 上的说明适当地创建和修改 Makevars 文件] 页面以允许 CRAN 包安装过程选择 GCC 编译器而不是默认的 Clang 编译器：
我在使用 randomForestSRC 包并行估计随机生存林时遇到问题。我已按照 this guide 并尝试将其安装在 Mac (Sierra) 上。但是，rfsrc() 函数仍然在单个线程上运行。您能否建议如何实现并行执行，因为该函数需要很长时间才能在更大的数据集上进行计算。我直接按照教程中描述的步骤操作，但没有成功。
提前致谢！
您问题中提到的指南是 2013 年的，从那时起，OpenMP 并行执行的成功过程得到了显着简化。事实上，当前版本 (2.5.1) 在 CRAN 上可用的二进制文件应该 运行 在 Sierra 上并行。源代码包括一个现成的配置文件，它是 autoconf 命令的结果。因此，并行执行是现在的默认行为。如果您还没有升级到最新版本，我建议您这样做。如果 CRAN 提供的二进制构建仍然没有开启并行执行，我建议使用 Homebrew 或其他包管理器将编译器升级到 GCC，然后按照我们 [=15= 上的说明适当地创建和修改 Makevars 文件] 页面以允许 CRAN 包安装过程选择 GCC 编译器而不是默认的 Clang 编译器：