使用R中的函数从多个文件夹复制相同的文件并根据文件夹结构重命名文件

Question

我是 R 的新手，并且构建了一系列工作循环，从多个子文件夹复制和重命名单个文件。

太棒了！！ ...但是这个问题是关于什么的？

好吧，我对 R 的了解已经够多了，我知道大多数用户都同意应该避免循环并尽可能使用函数。这是因为函数比循环快得多。

当我将我的循环应用于我的真实数据时，它将不得不循环通过 +10000 个文件，因此我希望它尽可能快。

我的循环可以用函数来表示吗？
或者可以以某种方式优化循环？
任何关于如何实现上述任何一个的示例或建议将不胜感激。

关于我的文件结构的信息：

F:/Study
  1000
     1001
       Gait1
         annotations.txt
       Gait2
         annotations.txt
     1002
       Gait1
         annotations.txt
       Gait2
         annotations.txt
  59000
     59003 
       Gait1
         annotations.txt
       Gait2
         annotations.txt

注意。 "Gait" 文件夹包含许多其他文件和目录，但我只对 "annotations.txt" 文件感兴趣。

我的循环：

for( a in seq(1000, 99000, by = 1000) ) {
  if (!dir.exists(paste0("F:/Study/", a))) {
    next()
    }
  for ( b in seq(1, 200, by = 1) ) {
      if (!dir.exists(paste0("F:/Study/", a,"/", a+b))) {
    next()
      }
    for ( c in seq(1, 2, by = 1)) {
        if (!dir.exists(paste0("F:/Study/", a,"/", a+b, "/", "Gait", c))) {
           next()
             }
      file.copy(from = paste0("F:/Study/", a,"/", a+b, "/", "Gait", c,"/annotations.txt"), to = "F:/Study/Annotations", overwrite = TRUE)
      setwd("F:/Study/Annotations")
      file.rename( from = "annotations.txt", to = paste0(a+b, "_Gait", c, "_annotations.txt") )
    }
  }
}

结果是我的 Annotations 文件夹中的文件名为：

1001_Gait1_annotations
1001_Gait2_annotations
1002_Gait1_annotations
1002_Gait2_annotations
59003_Gait1_annotations
59003_Gait2_annotations

tl;dr 循环可以用函数表示吗？怎么样？

Answer 1

您可以尝试以下操作（我假设您的 /Annotations 目录已经存在）。这对你有用吗？

#get all file names (full path) with the pattern "annotations" within all folders in directory
files <- list.files("F:/Study/", full.names = TRUE, recursive = TRUE, pattern = "annotations")

#extract the desired parts for the new filename with regex
#d+ stands for 1+x digits, .* for anything and $ for the end of line
#extract only the second capturing group (the parts within parenthesis) via \2
filenames_new <- gsub("(.*/)(\d+/Gait\d+.*$)", "\2", files)
filenames_new <- gsub("/", "_", filenames_new)

#create the new filepaths
files_new <- paste0("F:/Study/Annotations/", filenames_new) 

#perform copy
file.copy(from = files, to = files_new)

使用R中的函数从多个文件夹复制相同的文件并根据文件夹结构重命名文件

Using functions in R to copy the same file from multible folders and renaming the file based on folder structure

loops

copy

r

rename

function