如何在 CWL 文件中放入两个 bash 命令？
How to put two bash commands in CWL file?
我是 CWL 工具的新手。我可以在 basecommand 中使用任何 bash 命令，即：
basecommand cat
或
basecommand [wc, -w]
我应该如何修改它以使其与
一样
cat | wc -w
会做吗？
应该使用参数和 InlineJavascriptRequirement 来指定参数中的输入：
baseCommand: cat
arguments:
- $(inputs.infile)
- "|"
- wc
- w
你也可以在cwl中写一个bash脚本和运行脚本。我的意思是：
basecommand: sh
inputfile: script.sh
该脚本可以包含您的所有命令，例如 cat 和 wc。该脚本还可以为您的命令获取其他输入，例如文件或字符串，您可以在脚本中通过 $1 和 $2 使用它们，然后继续，其中 $1 与第一个参数相关。
我是 CWL 工具的新手。我可以在 basecommand 中使用任何 bash 命令，即：
basecommand cat
或
basecommand [wc, -w]
我应该如何修改它以使其与
一样cat | wc -w
会做吗？
应该使用参数和 InlineJavascriptRequirement 来指定参数中的输入：
baseCommand: cat
arguments:
- $(inputs.infile)
- "|"
- wc
- w
你也可以在cwl中写一个bash脚本和运行脚本。我的意思是：
basecommand: sh
inputfile: script.sh
该脚本可以包含您的所有命令，例如 cat 和 wc。该脚本还可以为您的命令获取其他输入，例如文件或字符串，您可以在脚本中通过 $1 和 $2 使用它们，然后继续，其中 $1 与第一个参数相关。