为边的名称子集 igraph 对象

Question

考虑一个将每个变量相互关联的数据框：

iris_cor <- structure(list(x = c("Sepal.Length", "Sepal.Length", "Sepal.Length", 
"Sepal.Length", "Sepal.Width", "Sepal.Width", "Sepal.Width", 
"Sepal.Width", "Petal.Length", "Petal.Length", "Petal.Length", 
"Petal.Length", "Petal.Width", "Petal.Width", "Petal.Width", 
"Petal.Width"), y = c("Sepal.Length", "Sepal.Width", "Petal.Length", 
"Petal.Width", "Sepal.Length", "Sepal.Width", "Petal.Length", 
"Petal.Width", "Sepal.Length", "Sepal.Width", "Petal.Length", 
"Petal.Width", "Sepal.Length", "Sepal.Width", "Petal.Length", 
"Petal.Width"), r = c(NA, -0.117569784133002, 0.871753775886583, 
0.817941126271576, -0.117569784133002, NA, -0.42844010433054, 
-0.366125932536439, 0.871753775886583, -0.42844010433054, NA, 
0.962865431402796, 0.817941126271576, -0.366125932536439, 0.962865431402796, 
NA)), row.names = c(NA, -16L), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"
), .Names = c("x", "y", "r"))

如果我想制作网络图，我会执行以下操作：

library(igraph)
iris_igraph <- graph_from_data_frame(iris_cor)

现在，如果我只对涉及 Sepal.Length 的相关性感兴趣，我不清楚如何有效地提取该信息。尝试这两种方法都不成功。第一个是因为错误，第二个是因为我只得到 Sepal.Length 的第一个实例，而不是全部：

> subgraph.edges(iris_igraph, E(iris_igraph)[name == "Sepal.Length"])
Error in eval(x$expr, data, x$env) : object 'name' not found
> 
> subgraph.edges(iris_igraph, V(iris_igraph)[name == "Sepal.Length"])
IGRAPH dc7408b DN-- 1 1 -- 
+ attr: name (v/c), r (e/n)
+ edge from dc7408b (vertex names):
[1] Sepal.Length->Sepal.Length

这会产生所需的输出：

subgraph.edges(iris_igraph, E(iris_igraph)[1:4])

然而，当 igraph 对象的所需子集不按顺序或有很多 nodes/edges 时，编号索引不实用。

任何人都可以推荐一种方法来为边的名称对 igraph 对象进行子集化吗？

Answer 1

根据indexing edge sequences，您可以使用特殊函数inc进行边缘子集化，其中：

获取一个顶点序列，并选择顶点序列中至少有一个入射顶点的所有边。

E(iris_igraph)[inc('Sepal.Length')]
#+ 7/16 edges (vertex names):
#[1] Sepal.Length->Sepal.Length Sepal.Length->Sepal.Width  Sepal.Length->Petal.Length
#[4] Sepal.Length->Petal.Width  Sepal.Width ->Sepal.Length Petal.Length->Sepal.Length
#[7] Petal.Width ->Sepal.Length

Select 来自 Sepal.Length 的边：

E(iris_igraph)[from('Sepal.Length')]
#+ 4/16 edges (vertex names):
#[1] Sepal.Length->Sepal.Length Sepal.Length->Sepal.Width  Sepal.Length->Petal.Length
#[4] Sepal.Length->Petal.Width

Select 边缘到 Sepal.Length:

E(iris_igraph)[to('Sepal.Length')]
#+ 4/16 edges (vertex names):
#[1] Sepal.Length->Sepal.Length Sepal.Width ->Sepal.Length Petal.Length->Sepal.Length
#[4] Petal.Width ->Sepal.Length

为边的名称子集 igraph 对象

Subset an igraph object for the name of the edge

r

subset

igraph