ComplexHeatmap 注释似乎缺少数据

Question

下面的玩具数据集似乎可以说明问题：

set.seed(0)
mm = matrix(data = rnorm(1000 * 8), nrow = 8)
rownames(mm) = letters[1:8]
annodf = data.frame(var1=rbinom(1000, 1, .01))

library(ComplexHeatmap)
ha = HeatmapAnnotation(df=annodf, col=list("var1"=c("0"="white","1"="red")))
ht = Heatmap(mm, show_column_dend = F, 
        show_column_names = F, bottom_annotation = ha)
draw(ht)

这是我在电脑上看到的图像（我使用的是 Rstudio）：我可以在注释中辨认出 9 条不同的线，尽管其中一条较粗并且可能由多条线组成。

我还可以将注释单独绘制为条形图，看看我认为它应该是什么样子

barplot(annodf$var1[column_order(ht)])

这给了我：

这看起来像 11 行，其中一行可能由两行组成。我们可以看一下数据：

> sum(annodf$var1)
[1] 12
> which(annodf$var1[column_order(ht)]==1)
 [1] 112 126 128 250 430 477 561 568 643 673 893 934

确认条形图是正确的。

为什么注释似乎缺少数据？

更新：

我似乎没有在较小的数据集中看到这种差异。为了说明这一点，也为了确认标注条形图的写法是正确的，我是这样写的5x5的图：

set.seed(0)
mm2 = matrix(data = rnorm(5 * 5), nrow = 5)
rownames(mm2) = letters[1:5]
colnames(mm2) = LETTERS[1:5]
annodf2 = data.frame(var1=rbinom(5, 1, .45))
ha2 = HeatmapAnnotation(df=annodf2, col=list("var1"=c("0"="white","1"="red")))
ht2 = Heatmap(mm2, show_column_dend = F, 
             show_column_names = F, bottom_annotation = ha2)
draw(ht2)
barplot(annodf2$var1[column_order(ht2)])

热图注释：, and the barplot:

这些匹配，因为第 2 和第 5 列的 var1=1。那么为什么注释和条形图不匹配更大的图？

交叉发布：https://github.com/jokergoo/ComplexHeatmap/issues/142

Answer 1

x轴注释超过九行。只是在较小的 windows 中查看时您看不到它们，因为它们彼此太近了。如果将查看器 window 放大到足够远，您会看到它们就在那里。更好的是，将您的绘图输出为 PDF（这样它就不会丢失细节）并检查 pdf 版本。

pdf("heatmap.pdf")
draw(ht)
dev.off()

使用默认的高度和宽度，如果缩放到 150%，您将看到以下详细信息：

虽然您看到的与条形图不一样，但我无法验证您用于条形图的方法是否会给出与热图中相同的结果。注释上有 12 条不同的线，但无法看到热图上的 x 轴刻度，我无法冒险猜测条形图与热图不匹配的原因。

Answer 2

问题是注释不是绘制线本身而是填充的矩形，并且对于 1000 列，绘图例程无法一致地绘制填充的矩形（没有足够的分辨率来这样做）。从使用只有少量列的热图更新问题可以清楚地看出，绘制的 'lines' 是填充的矩形。

认为这是一个线条问题而不是填充矩形问题，我研究了 HeatmapAnnotation 函数中 gp（图形参数）参数的使用，看看我是否可以增加线条宽度，这样做就很清楚了它不是正在绘制的线条。例如，这里是使用 gpar 选项将线宽增加到一个大值的输出：

ha = HeatmapAnnotation(df=annodf, gp = gpar(col = annodf$var1[column_order(ht)], 
                                            lwd = unit(20, "native")))

带有圆形末端的黑线被绘制热图函数本身派生的填充覆盖。此外，在 HeatmapAnnotation:

中不允许使用 gpar fill 参数

Error in SingleAnnotation(name = anno_name[i], value = df[, i], na_col = na_col,  : 
  You should not set `fill`.

最后，您可能会看到，在对此进行调查时，我已将 gpar 颜色参数设置为 annodf$var1[column_order(ht)]，这仅在热图至少填充一次后才有效。当尝试使用 gpar 设置线宽时，注释的颜色被覆盖并且注释变得不超过大量的线，每列 1 条：

ha = HeatmapAnnotation(df=annodf, gp = gpar(lwd = unit(1, "native")))

因此，绘制的不是线条，而是填充的矩形，当数据集中的列太多时，会出现分辨率问题，导致某些带注释的填充不可见，具体取决于缩放比例正在查看注释。查看热图输出的 PDF 时也是如此。作为一种矢量格式，缩放级别会影响以较大比例绘制的内容，并显示在较低缩放级别下不显示的细节。所有 12 'lines'（实际上是填充的矩形）确实存在：

ComplexHeatmap 注释似乎缺少数据

ComplexHeatmap annotation seems to be missing data

plot

r

data-visualization

heatmap