ARMA_NO_DEBUG 在带有 RcppArmadillo 的 R 包中

Question

我想在访问 RcppArmadillo 中的矩阵元素时禁用边界检查。

Armadillo 的文档说

Armadillo can be configured via editing the file include/armadillo_bits/config.hpp. Specific functionality can be enabled or disabled by uncommenting or commenting out a particular #define, listed below.

但是在 R 包的上下文中，我如何激活这个指令？

我尝试用

创建一个config.h文件

#ifndef CONFIG_LOADED
#define CONFIG_LOADED
#define ARMA_NO_DEBUG
#endif

然后将其包含在我的 /src 文件夹的 every .cpp 文件中，但我不确定它是否正常工作或是否有其他方法除了在每个 .cpp 文件中添加 #include "config.h"。

目前我有一个 .cpp（包含主要算法的那个）开头为：

#include "configs.h"
#include <RcppArmadillo.h>

using namespace Rcpp;
using namespace arma;

// [[Rcpp::export]]
SEXP sample_gibbs_cpp(const arma::vec& v_n, const arma::mat& W, 
arma::vec h_n, double alpha = 1, double beta = 1, int iter=100,
double burnin = 0.5){
... code ...
}

然后其他人只是

#include <RcppArmadillo.h>

using namespace Rcpp;
using namespace arma;
... code ...

我的描述文件：

Package: mypackage
Title: What the Package Does (one line, title case)
Version: 0.0.0.9000
Authors@R: person("First", "Last", email = "first.last@example.com", role = c("aut", "cre"))
Description: What the package does (one paragraph).
Depends:
    R (>= 3.2.3)
License: What license is it under?
Encoding: UTF-8
LazyData: true
RoxygenNote: 5.0.1
Imports:
    ggplot2,
    dplyr,
    tidyr,
    rstan
LinkingTo: Rcpp, RcppArmadillo, RcppEigen
SystemRequirements: C++11

然后我编译我的包：

devtools::load_all()

Answer 1

这里的顺序很重要。此 #define 语句必须包含在之前 #include<RcppArmadillo.h>

一个例子：

custom_config.h

#ifndef CONFIG_LOADED
#define CONFIG_LOADED
#define ARMA_NO_DEBUG
#endif

example_compiled_file.cpp

#include "custom_config.h"
#include <RcppArmadillo.h>

// [[Rcpp::export]]
void test_pkg(const arma::vec& x) {

   // Should not trigger error bound checking with debug flag on.
   double my_val_protected = x(0);

   // Never triggers error bound checking
   double my_val = x.at(0);
}

注：因为这是一个包，所以不需要使用 // [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]。相反，您必须在 DESCRIPTION 文件的 LinkingTo: 字段中指定 RcppArmadillo 和 Rcpp，并在 Imports: 字段中包含 Rcpp。您必须至少从 Rcpp 导入一个函数（最好是：evalCpp）。

例如描述必须有：

Imports: Rcpp (>= 0.12.15)
LinkingTo: Rcpp, RcppArmadillo

ARMA_NO_DEBUG 在带有 RcppArmadillo 的 R 包中

ARMA_NO_DEBUG in R package with RcppArmadillo

c++

r

armadillo

rcpp