R igraph 中的绘图函数

Question

我使用 igraph R 可视化化合物。在这种方法中，节点对应于原子，边对应于原子之间的键。这种表示的化学分子被称为分子图或 H-耗尽图。例如，为了表示 2-甲基丁烷，简称 2mb，（碳骨架由五个原子组成的简单有机分子）我使用以下 R 代码：

molecular.graph.2mb = graph.formula(1-2,2-3,3-4,2-5)

为了可视化此分子图，我使用以下矩阵 m 作为布局：

m = matrix(c(1,0,2,0,3,0,4,0,2,1), nrow=5, byrow=TRUE).

此矩阵包含我的图形的顶点坐标。然后我绘制这张图：

plot(molecular.graph.2mb, layout=m).

我得到了一个图，其中顶点2和5之间的几何距离大于v1和v2、v2和v3以及v3和v4之间的几何距离。

我的问题是：如何强制 igraph R 绘制所有几何距离相等的图形？

Answer 1

这样做的主要技巧是设置参数 rescale=FALSE 并调整 xlim。单独这样做会使节点非常小，因此我还需要调整节点大小。我想这就是你要找的。

library(igraph)

## Your graph
molecular.graph.2mb = graph.formula(1-2,2-3,3-4,2-5)
m = matrix(c(1,0,2,0,3,0,4,0,2,1), nrow=5, byrow=TRUE)

## Modified plot
plot(molecular.graph.2mb, layout=m, rescale=FALSE,
    vertex.size=30, xlim=c(0.5,4.5))

R igraph 中的绘图函数

The plotting function in R igraph

r

igraph