按列名将数据集拆分为多个

Question

我正在尝试根据列名将数据集拆分为多个数据集：

for(i in 1:nrow(column_vals)){
  dataset_filtered <- dataset_metadata %>% 
  filter(characteristics..strain == column_vals[i,1], 
                          characteristics..age == column_vals[i,2])
  samples <- dataset_filtered[,1]
  samples <- substr(samples, 1, 22)
  exprs_filtered <- as.data.frame(exprs) %>% filter(colnames(exprs) %in% 
 samples)
  saveRDS(exprs_filtered, paste0(path, i, sep=""))
}

samples 是一个 character 数组，其中包含每次迭代时需要选择的不同列名。使用上面的代码我得到一个错误：

exprs 的尺寸为 21266x24185。我尝试使用 grepl 函数：

is.in <- grepl(paste(colnames(exprs), collapse="|"), samples)
exprs_filtered <- exprs[, is.in]

但它又给我一个错误：

我在这里做错了什么？如何解决问题？任何建议将不胜感激。

Update

我尝试转置 exprs 数据集：as.data.frame(t(exprs)) %>% ... 并且错误消失了，但过滤仍然不起作用：每次迭代我得到零过滤结果。 exprs 数据集如下所示：

samples 字符数组之一：

Answer 1

如果您的数据是 21266x24185，该错误表明您可能需要使用 t() 转置表达式或样本以获得相同的方向。

编辑：

R 已将 X 附加到您的表达式 headers，因此它们不再与示例中的匹配。在读取 exprs 文件时（例如 read.csv()）添加参数 check.names = F，这将防止这种情况发生 - 但要谨慎使用，因为语法无效 headers 可能会影响其他功能。有关详细信息，请参阅 ?make.name

如果这仍然不能解决问题，请确认 expr 中的某些 headers 确实匹配样本，以便我们期待输出。

如果您提供的示例包含我们可以复制到 R 中的格式的匹配数据（文本，而不是图像），如果这不能解决问题，我们可能会进一步提供帮助。

按列名将数据集拆分为多个

Split dataset into multiple by column names

r

dplyr

grepl

编辑：