来自 R 的 UNIX 命令通过 shell 函数

Question

我需要从 R 会话发出 unix 命令。我在 Windows R2 2012 服务器上使用 RStudio 1.1.383 和 R 3.4.3。

shell() 函数看起来对我来说是正确的，但是当我指定 bash shell 的路径时（从 Git 到 Windows 安装）命令失败，错误代码为 127。

shell_path <- "C:\Program Files\Git\git-bash.exe"
shell("ls -a", shell = shell_path)
## running command 'C:\Program Files\Git\git-bash.exe /c ls -a' had status 127'ls -a' execution failed with error code 127

很确定我的 shell 路径是正确的：

我做错了什么？

编辑：为了清楚起见，我想传递任意数量的 UNIX 命令，我只是使用 ls -a 作为示例。

编辑：

经过一些关于2018-03-09的游戏：

shell(cmd = "ls -a", shell = '"C:/Program Files/Git/bin/bash.exe"', intern = TRUE, flag = "-c")

我的 bash.exe 的正确位置是 .../bin/bash.exe。这使用 shell 和 intern = TRUE 到 return 作为 R 对象的输出。请注意在 shell 路径两边使用单引号。

编辑：2018-03-09 21:40:46 UT

在 RStudio 中，我们还可以使用 knitr 调用 bash 并设置块选项：

library(knitr)

```{bash my_bash_chunk, engine.path="C:\Program Files\Git\bin\bash.exe"}
# Using a call to unix shell
ls -a
```

Answer 1

也许您需要使用 shQuote？

shell( paste("ls -a  ", shQuote( shell_path) ) )

（未经测试。我不在 Windows 上。但请务必阅读 ?shQuote））

Answer 2

这里有两点很突出。如果找不到命令，Bash 将 return 退出代码 127；您应该尝试运行使用完全限定的命令名称。

我还看到您的 shell 运行带有 /c 标志。 According to the documentation，flag 参数指定 "the switch to run a command under the shell"，它默认为 /c，但是 "if the shell is bash or tcsh or sh the default is changed to '-c'." 显然，git-bash.exe 不会发生这种情况。

试试这些改变：

shell_path <- "C:\Program Files\Git\git-bash.exe"
shell("/bin/ls -a", shell = shell_path, flag = "-c")

不在 Windows，所以不能确定这是否有效。

Answer 3

如果你只想做ls -a，你可以使用下面的命令：

shell("'ls -a'", shell="C:\Git\bin\sh.exe")

#or
shell('C:\Git\bin\sh.exe -c "ls -a"')

如果 "Program Files" 中的 space 导致问题，请告诉我们。

如果您需要登录才能调用您的命令，

shell('C:\Git\bin\sh.exe --login -c "ls -a"')

但是，如果您正在考虑从 R 执行 git 命令，ropensci 的 git2r 可能会满足您的需要。

来自 R 的 UNIX 命令通过 shell 函数

UNIX commands from R via shell function

bash

r

git-bash

rstudio

knitr