如何将阴影置信区间添加到具有指定值的线图

Question

我有一小部分 table 汇总数据，其中包含四个类别的优势比、置信上限和置信下限，每个类别有六个级别。我想使用 ggplot2 生成一个图表，它看起来类似于您指定 lm 时创建的通常图表，它是 se，但我希望 R 只使用我在 table 中的预先指定的值.我设法创建了带有误差线的折线图，但它们重叠并使其不清楚。数据如下所示：

interval    OR  Drug    lower   upper
14  0.004   a   0.002   0.205
30  0.022   a   0.001   0.101
60  0.13    a   0.061   0.23
90  0.22    a   0.14    0.34
180 0.25    a   0.17    0.35
365 0.31    a   0.23    0.41
14  0.84    b   0.59    1.19
30  0.85    b   0.66    1.084
60  0.94    b   0.75    1.17
90  0.83    b   0.68    1.01
180 1.28    b   1.09    1.51
365 1.58    b   1.38    1.82
14  1.9 c   0.9 4.27
30  2.91    c   1.47    6.29
60  2.57    c   1.52    4.55
90  2.05    c   1.31    3.27
180 2.422   c   1.596   3.769
365 2.83    c   1.93    4.26
14  0.29    d   0.04    1.18
30  0.09    d   0.01    0.29
60  0.39    d   0.17    0.82
90  0.39    d   0.2 0.7
180 0.37    d   0.22    0.59
365 0.34    d   0.21    0.53

我试过这个：

limits <- aes(ymax=upper, ymin=lower)
dodge <- position_dodge(width=0.9)
ggplot(data, aes(y=OR, x=days, colour=Drug)) + 
  geom_line(stat="identity") + 
  geom_errorbar(limits, position=dodge)

并搜索了一个 suitable 答案来创建一个漂亮的情节，但我很困惑！

非常感谢任何帮助！

Answer 1

您需要以下几行：

p<-ggplot(data=data, aes(x=interval, y=OR, colour=Drug)) + geom_point() + geom_line()
p<-p+geom_ribbon(aes(ymin=data$lower, ymax=data$upper), linetype=2, alpha=0.1)

Answer 2

这是使用 polygon() 的基本 R 方法，因为@jmb 在评论中请求了解决方案。请注意，我必须为要绘制的多边形定义两组 x 值和关联的 y 值。它通过绘制多边形的外周来工作。我定义 plot type = 'n' 并分别使用 points() 来获取多边形顶部的点。我个人的偏好是在可能的情况下使用上面的 ggplot 解决方案，因为 polygon() 非常笨重。

library(tidyverse)

data('mtcars')  #built in dataset

mean.mpg = mtcars %>% 
  group_by(cyl) %>% 
  summarise(N = n(),
        avg.mpg = mean(mpg),
        SE.low = avg.mpg - (sd(mpg)/sqrt(N)),
        SE.high =avg.mpg + (sd(mpg)/sqrt(N)))


plot(avg.mpg ~ cyl, data = mean.mpg, ylim = c(10,30), type = 'n')

#note I have defined c(x1, x2) and c(y1, y2)
polygon(c(mean.mpg$cyl, rev(mean.mpg$cyl)), 
c(mean.mpg$SE.low,rev(mean.mpg$SE.high)), density = 200, col ='grey90')

points(avg.mpg ~ cyl, data = mean.mpg, pch = 19, col = 'firebrick')

如何将阴影置信区间添加到具有指定值的线图

How to add shaded confidence intervals to line plot with specified values

r

ggplot2