如何将 Cython 与 pytest 一起使用？

Question

目标是为使用 Cython 的 Python3 项目使用 pytest 单元测试框架。这不是即插即用的东西，因为 pytest 默认情况下无法导入 Cython 模块。

一个不成功的解决方案 是使用 pytest-cython 插件，但它对我来说根本不起作用：

> py.test --doctest-cython
usage: py.test [options] [file_or_dir] [file_or_dir] [...]
py.test: error: unrecognized arguments: --doctest-cython
  inifile: None
  rootdir: /censored/path/to/my/project/dir

验证我是否安装了软件包：

> pip freeze | grep pytest-cython
pytest-cython==0.1.0

更新：我正在使用 PyCharm，它似乎没有使用我的 pip 安装包，而是使用自定义（？）pycharm 存储库来存储我的项目使用的包。一旦我将 pytest-cython 添加到该存储库，该命令就会运行但很奇怪它无论如何都无法识别 Cython 模块，尽管 package/add-on 是专门为此目的设计的：

> pytest --doctest-cython
Traceback:
tests/test_prism.py:2: in <module>
    from cpc_naive.prism import readSequence, processInput
cpc_naive/prism.py:5: in <module>
    from calculateScore import calculateScore, filterSortAlphas, 
calculateAlphaMatrix_c#, incrementOverlapRanges  # cython code
E   ImportError: No module named 'calculateScore'

另一个不成功的解决方案我得到是使用pytest-runner，但这会产生：

> python3 setup.py pytest
usage: setup.py [global_opts] cmd1 [cmd1_opts] [cmd2 [cmd2_opts] ...]
   or: setup.py --help [cmd1 cmd2 ...]
   or: setup.py --help-commands
   or: setup.py cmd --help

error: invalid command 'pytest'

更新:

我首先忘记将 setup_requires=['pytest-runner', ...] 和 tests_require=['pytest', ...] 添加到安装脚本中。一旦我这样做了，我又遇到了另一个错误：

> python3 setup.py pytest
Traceback (most recent call last):
  File "setup.py", line 42, in <module>
    tests_require=['pytest']
(...)
AttributeError: type object 'test' has no attribute 'install_dists'

更新 2 (setup.py):

from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension

from setuptools import find_packages
from Cython.Build import cythonize
import numpy

try:  # try to build the .c file
    from Cython.Distutils import build_ext
except ImportError:  # if the end-user doesn't have Cython that's OK; you should have shipped the .c files anyway.
    use_cython = False
else:
    use_cython = True

cmdclass = {}
ext_modules = []

if use_cython:
    ext_modules += [
        Extension("cpc_naive.calculateScore", ["cpc_naive/calculateScore.pyx"],
                  extra_compile_args=['-g'],   # -g for debugging
                  define_macros=[('CYTHON_TRACE', '1')]),
    ]
    cmdclass.update({'build_ext': build_ext})
else:
    ext_modules += [
        Extension("cpc_naive.calculateScore", ["cpc_naive/calculateScore.c"],
                  define_macros=[('CYTHON_TRACE', '1')]),  # compiled C files are stored in /home/pdiracdelta/.pyxbld/
    ]

setup(
    name='cpc_naive',
    author=censored,
    author_email=censored,
    license=censored,
    packages=find_packages(),
    cmdclass=cmdclass,
    ext_modules=ext_modules,
    install_requires=['Cython', 'numpy'],
    include_dirs=[numpy.get_include()],
    setup_requires=['pytest-runner'],
    tests_require=['pytest']
)

更新 3（部分修复）：正如@hoefling 所建议的，我将 pytest-runner 降级到版本 <4（实际上是 3.0.1），这解决了更新 1 中的错误，但现在我得到了与 pytest-cython 解决方案相同的异常：

E   ImportError: No module named 'calculateScore'

它似乎无法识别该模块。也许这是由于某些 absolute/relative import mojo 我不明白。

如何将 pytest 与 Cython 一起使用？我如何才能发现这些方法不起作用的原因并加以修复？

最终更新：在考虑了原始问题和问题更新后（感谢@hoefling 解决了这些问题！），现在这个问题被简化为：

why can pytest no import the Cython module calculateScore, even though running the code just with python (no pytest) works just fine?

Answer 1

正如@hoefling 所建议的，应该使用 pytest-runner 版本 <0.4 来避免

AttributeError: type object 'test' has no attribute 'install_dists'

然后回答实际的和最后的问题（除了部分，off-topic，user-specific 修复添加到问题 post 本身）为什么 pytest 不能导入 Cython 模块 calculateScore，即使运行使用 python 的代码（没有 pytest）工作得很好：剩下的问题已经解决 here.

如何将 Cython 与 pytest 一起使用？

How to use Cython with pytest?

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