R中的熔解相关矩阵

Question

我在 R 中创建了一个相关矩阵：

cor(df, use = "p")->df_corr

然后我使用以下方法融化了矩阵：

melt(df_corr) -> df_corr_melted

获得：

Var1 Var2 value
A    B    .1
A    C     .2
A    A     1
B    A     .1
B    C     .4
B    B     1
C    A     .2
C    B     .4
C    C     1

我想删除冗余对。例如，我只需要 corr(A,C) 而不是 corr(C,A)。我通读了 dplyr 中的过滤命令，但由于行组合实际上是唯一的，因此这些并不是真正的重复项。有什么建议么？

Answer 1

融化之前你可以做：

data.frame(Var1=t(combn(colnames(df_corr),2)),Var2=df_corr[lower.tri(df_corr)])

Answer 2

下面是使用 combn 和 apply 函数的方法：

c_names <- combn(names(dat), 2)

cors <- apply(c_names, 2, FUN = function(x) cor(dat[x[1]], dat[x[2]]))

cbind.data.frame(t(c_names), cors)

   1  2       cors
1 aa bb  0.5776151
2 aa cc -0.4059593
3 bb cc -0.5673487

数据

set.seed(123)
dat <- data.frame(aa = rnorm(10),
                  bb = rnorm(10),
                  cc = rnorm(10))

Answer 3

您可以通过使用 replace 将矩阵的对角线和上三角或下三角设置为 NA，然后只需 melt(..., na.rm = TRUE):

演示：

library(reshape2)
melt(replace(df_corr, lower.tri(df_corr, TRUE), NA), na.rm = TRUE)
#   Var1 Var2      value
# 4   aa   bb  0.5776151
# 7   aa   cc -0.4059593
# 8   bb   cc -0.5673487

示例数据：

set.seed(123)
df_corr <- cor(data.frame(aa = rnorm(10), bb = rnorm(10), cc = rnorm(10)), use = "p")

R中的熔解相关矩阵

melt correlation matrix in R

r

matrix

duplicates

correlation

dplyr

数据